"ปากเกร็ด" เป็นคำประสมจากคำว่า "ปาก" ซึ่งสันนิษฐานว่าคงจะเนื่องมาจากชื่อวัดปากอ่าว และคำว่า "เกร็ด" ซึ่งมีความหมายตามพจนานุกรม ฉบับราชบัณฑิตยสถาน พ.ศ. 2493 ว่า "ห้วงน้ำแคบต่อจากห้วงน้ำใหญ่ทั้งสอง" ดังนั้น คำว่าปากเกร็ดจึงน่าจะหมายถึง "บริเวณผืนแผ่นดินที่เป็นปากอ่าว มีอาณาเขตติดต่อกับแม่น้ำใหญ่"[3]

อีกข้อสันนิษฐานหนึ่ง "ปากเกร็ด" อาจมีที่มาจากคลองที่ขุดขึ้นในรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวท้ายสระเพื่อลัดแม่น้ำเจ้าพระยาตรงช่วงที่เริ่มไหลวกเข้าไปในคุ้งบางบัวทอง โดยในอดีตผู้คนจะเรียกคลองนี้ว่า "คลองเตร็ดน้อย"[4] และต่อมาเรียกว่า "คลองลัดเกร็ด" (หรือ "แม่น้ำลัดเกร็ด" ซึ่งทำให้เกิดเกาะเกร็ดขึ้นนั่นเอง) ส่วนบริเวณต้นคลองลัดนั้นก็เรียกว่า "ปากเกร็ด"[5]