การแต่งกายของชาวลับแลในสมัยรัชกาลที่ 5 จากตำนานหลักฐานจึงทำให้ทราบว่ากลุ่มชนส่วนใหญ่ที่มาอยู่ในบริเวณเมืองลับแลในปัจจุบันนั้นอพยพมาจากอาณาจักรเชียงแสนโบราณ (โยนกนาคพันธุ์)ศิลาจารึกเจดีย์พิหาร ขุดได้ที่หน้าวิหารวัดเจดีย์คีรีวิหาร มหาอำมาตย์ตรี พระยานครพระราม ส่งเข้าหอสมุดวชิรญาณ กรุงเทพฯ เมื่อปี พ.ศ. 2473 ศาสตราจารย์ ดร.ประเสริฐ ณ นคร ให้ความเห็นว่าเนื้อหาจารึกน่าจะกล่าวตั้งแต่ครั้งเมื่อพระยาลิไทยขึ้นเสวยราชย์ เป็นหลักฐานหนึ่งที่ยืนยันว่าอาณาบริเวณเมืองลับแลปัจจุบัน เป็นชุมชนที่มีความเก่าแก่มาตั้งแต่สมัยอาณาจักรสุโขทัย

จากหลักฐานศิลาจารึกเจดีย์พิหาร ขุดได้ที่หน้าวิหารวัดเจดีย์คีรีวิหาร ซึ่งมหาอำมาตย์ตรี พระยานครพระราม ส่งเข้าหอสมุดวชิรญาณ กรุงเทพฯ เมื่อปี พ.ศ. 2473 ศาสตราจารย์ ดร.ประเสริฐ ณ นคร ให้ความเห็นว่าเนื้อหาจารึกน่าจะกล่าวตั้งแต่ครั้งเมื่อพระยาลิไทยขึ้นเสวยราชย์ เป็นหลักฐานหนึ่งที่ยืนยันว่าอาณาบริเวณเมืองลับแลปัจจุบัน เป็นชุมชนที่มีความเก่าแก่มาตั้งแต่สมัยอาณาจักรสุโขทัย

สมุดไทยบัญชีถือสังกัดมูลนายประจำแขวงเมืองลับแลในสมัยรัชกาลที่ 4

นอกจากนี้ ทางด้านเหนือและตะวันตกของเมืองกัมโพช มีภูมิประเทศเป็นป่าเขาสลับซับซ้อน มีบรรยากาศเยือกเย็นยามพลบค่ำแม้ตะวันจะยังไม่ตกดินก็จะมืดแล้ว เพราะมีดอยม่อนฤๅษีเป็นฉากกั้นแสงอาทิตย์ ป่านี้จึงได้ชื่อว่า "ป่าลับแลง" (แลง เป็นภาษาล้านนาแปลว่า เวลาเย็น) ต่อมาเพี้ยนเป็น "ลับแล" ซึ่งกลายมาเป็นชื่ออำเภอลับแลในสมัยปัจจุบัน

อย่างไรก็ดี ที่ตั้งของลับแลได้เป็นส่วนหนึ่งของเมืองทุ่งยั้งในอาณาจักรสุโขทัย จนในปี พ.ศ. 1981 เมืองทุ่งยั้ง ได้เจริญรุ่งเรืองขึ้นในฐานะเป็นเมืองหน้าด่านของอาณาจักรอยุธยา ที่ตั้งของลับแลก็ได้เป็นส่วนหนึ่งของเมืองทุ่งยั้งมาโดยตลอด

ในด้านชาติพันธ์คนลับแลที่ใช้ภาษาถิ่นล้านนานั้น จากข้อสันนิษฐานของสมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพ[2] ได้สันนิษฐานจากชาติพันธ์และภาษาของผู้คนในที่ตั้งเมืองลับแลในปัจจุบัน ว่าเดิมเป็นชาวเมืองแพร่ เมืองน่าน หนีข้าศึกและความเดือดร้อนมาซุ่มซ่อนตั้งชุมชนอยู่บริเวณนี้ เนื่องจากเป็นที่ป่ารก หลบซ่อนตัวง่ายและ ภูมิประเทศเป็นเมืองอยู่ในหุบเขามีที่เนินสลับกับที่ต่ำ คนต่างเมืองถ้าไม่คุ้นเคยกับภูมิประเทศจะหลงทางได้ง่าย ประกอบกับตำนานท้องถิ่น ระบุว่าได้มีผู้คนจากอาณาจักรโยนกเชียงแสน อพยพหลบภัยสงครามเข้ามาตั้งรกรากอยู่บริเวณที่ราบเขาแถบลับแล และตั้งชื่อว่า บ้านเชียงแสน ต่อมาคนกลุ่มนั้นก็แยกย้ายกันไปหักล้างถางดงสร้างบ้านเมือง ขึ้นกระจัดกระจายตามที่ราบและไหล่เขาต่าง ๆ ซึ่งปรากฏว่าได้มีตำนานการอัญเชิญ เจ้าฟ้าฮ่ามกุมาร พระราชโอรสของพระเจ้าเรืองชัยธิราช จากอาณาจักรโยนกนาคนครเชียงแสน ถูกสร้างขึ้นอีกในช่วงหลัง ประกอบกับชุมชนลับแลมีการขยายตัวเพิ่มขึ้น ดังปรากฏหลักฐานการสร้างศาสนสถานวัดป่าสัก ซึ่งมีศิลปะเอกลักษณ์แบบอยุธยาผสมล้านนา ทำให้เมืองลับแล กลายเป็นชุมชนขนาดใหญ่ ที่มีผู้ใช้ภาษาถิ่นล้านนามาตั้งแต่สมัยต้นกรุงรัตนโกสินทร์

ครั้นต่อมาในสมัยรัตนโกสินทร์ ในราว พ.ศ. 2444 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จประพาสเมืองอุตรดิตถ์ และได้เสด็จมาถึงเมืองลับแลในวันที่ 24 ตุลาคม พ.ศ. 2444 ได้โปรดเกล้าฯ ให้ย้ายศาลากลางจังหวัดจากเมืองพิชัยมาตั้งที่บางโพ และยุบเมืองทุ่งยั้งรวมกับลับแล และสถาปนาเมืองลับแลขึ้นเป็นอำเภอ ส่วนอาคารที่ทำการยังตั้งอยู่ที่เมืองทุ่งยั้ง บริเวณใกล้เวียงเจ้าเงาะ

อนุสาวรีย์พระศรีพนมมาศ คนดีเมืองลับแล บริเวณตัวเมืองลับแล

ต่อมาพระพิศาลคีรี ได้ย้ายอาคารที่ทำการไปตั้งที่ม่อนจำศีลในปีเดียวกันนี้ (ห่างจากที่ว่าการ อำเภอปัจจุบันไปทางทิศเหนือประมาณ 1 กิโลเมตร) ครั้นถึง พ.ศ. 2457 สมัย พระศรีพนมมาศ (เมื่อครั้งเป็นหลวงศรีพนมมาศ) เห็นว่าห่างไกลจากตัวเมืองลำบากแก่ราษฎรไปติดต่อ ประกอบกับพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว มีพระราชประสงค์จะสงวนที่ ม่อนจำศีล เป็นที่ประดิษฐานพระเหลือ (พระพุทธรูปที่สร้างจากทองที่เหลือจากการหล่อพระพุทธชินราชที่จังหวัดพิษณุโลก) เพราะทรงเห็นว่าทิวทัศน์ของม่อนจำศีลคล้ายกับเมืองชวา[3] จึงได้ย้ายอาคารที่ทำการจากม่อนจำศีล มาอยู่ที่ ม่อนสยามินทร์ (ชาวบ้านเรียกม่อนสามินทร์) เพราะเคยเป็นที่ตั้งพลับพลารับเสด็จพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ซึ่งเป็นที่ตั้งที่ว่าการอำเภอในปัจจุบัน[4]