อำเภอไชยาเดิมมีฐานะเป็นเมืองเรียกว่า เมืองไชยา ซึ่งเป็นเมืองหนึ่งในจำนวน 3 เมืองในอาณาจักรศรีวิชัยที่เจริญรุ่งเรืองมาก เป็นศูนย์กลางการปกครองและศูนย์กลางการค้าขายกับต่างประเทศ รวมทั้งเป็นศูนย์กลางการเผยแพร่ศาสนา แต่ต่อมาปี พ.ศ. 1568 ได้ถูกอาณาจักรจากภาคใต้ของอินเดียเข้ายึดอำนาจไว้ได้ ทว่าก็เป็นไปชั่วคราวเท่านั้นก็สามารถรวมคนตั้งตัวได้อีก และได้ทำการรบพุ่งชิงความเป็นใหญ่เพื่อชิงเกาะสุมาตราและแหลมมลายูกับอาณาจักรมัชปาหิต (ชวา) จนอ่อนกำลังทั้งคู่ จึงถูกอาณาจักรสุโขทัยตีได้ และเข้าครอบครองไว้ทั้งหมดในปี พ.ศ. 1800 ดังนั้นเมืองไชยาซึ่งเป็นเมืองหลวงของอาณาจักรศรีวิชัยก็ตกเป็นขอบขัณฑสีมาของอาณาจักรสุโขทัยแต่บัดนั้น

ประวัติศาสตร์เมืองไชยาระยะต่อจากนั้นก็เงียบหายไปจนกระทั่งปี พ.ศ. 2328 (สมัยกรุงรัตนโกสินทร์) พม่ายกกองทัพซึ่งคนไทยรู้จักกันดีในชื่อ สงครามเก้าทัพ บุกเข้าตีเมืองชุมพร แล้วตีเรื่อยจนถึงเมืองไชยา พร้อมกับเผาเมืองเสียจนถาวรวัตถุเป็นซากปรักหักพังเหลือไว้เป็นอนุสรณ์

เดิมอำเภอท่าฉางและอำเภอท่าชนะเคยรวมอยู่เป็นอำเภอเดียวกันกับอำเภอไชยา ต่อมาอำเภอท่าฉางแยกออกเป็นกิ่งอำเภอท่าฉาง และได้รับการยกฐานะเป็นอำเภอท่าฉางเมื่อ พ.ศ. 2482 สำหรับอำเภอท่าชนะแยกออกเป็นกิ่งอำเภอท่าชนะเมื่อวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2491 และต่อมาได้รับการยกฐานะเป็นอำเภอท่าชนะ เมื่อ วันที่ 6 มิถุนายน พ.ศ. 2499

ต่อมาเมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2490 ทางราชการได้จัดตั้งศาลจังหวัดและเรือนจำขึ้นที่อำเภอไชยา และเมื่อวันที่ 9 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2496 อำเภอไชยาได้รับการยกฐานะขึ้นเป็นอำเภอชั้น 2

ปัจจุบันอำเภอไชยาแบ่งการปกครองออกเป็น 9 ตำบล มี 53 หมู่บ้าน มีการปกครองส่วนท้องถิ่น 2 หน่วย คือ เทศบาล และ องค์การบริหารส่วนตำบล