แหล่งข้อมูลขั้นต้นกล่าวถึงผู้สืบสกุลของอิซาเบลลาแตกต่างกันไป รวมไปถึงจำนวน พระนาม และการประสูติของพระโอรสธิดา สิ่งที่รู้แน่นอนคืออิซาเบลลามีพระโอรสธิดาอย่างน้อยสี่คน พระโอรสที่สิ้นพระชนม์ไม่นานหลังการคลอดในค.ศ. 1236 หรือไม่ก็ค.ศ. 1241, พระธิดาที่สิ้นพระชนม์ไม่นานหลังการคลอดเช่นเดียวกับพระเชษฐาในค.ศ. 1237, มาร์กาเร็ต และเฮนริค บางกลุ่มเชื่อว่ามาร์กาเร็ตเป็นลูกคนแรก และอีกกลุ่มเชื่อว่าเป็นลูกที่ทำให้อิซาเบลลาสิ้นพระชนม์ตอนคลอด ซึ่งคนส่วนใหญ่เชื่อว่ามาร์กาเร็ตเป็นลูกคนสุดท้าย พระโอรสที่อายุสั้นของอิซาเบลลาได้รับการตั้งชื่อว่าเฟรเดอริค, จอร์แดนุส/จอร์แดน และคาร์ล อ็อตโต้ แตกต่างกันไปตามแหล่งข้อมูล นักประวัติศาสตร์บางส่วนเชื่อว่าจริงๆแล้วอิซาเบลลามีพระโอรสธิดา 5 คน พระโอรสสองคนอายุสั้นและได้รับการตั้งชื่อว่าจอร์แดนุส/คาร์ล อ็อตโต้ กับเฟรเดอริค ทั้งคู่ประสูติในฤดูใบไม้ผลิ ค.ศ. 1236 กับฤดูร้อน ค.ศ. 1240

1. จอร์แดนุส (ประสูติในช่วงฤดูใบไม้ผลิของค.ศ. 1236 มีชีวิตอยู่ไม่ถึงปี)[3] ลูกคนนี้ได้รับการตั้งชื่อเนื่องจากได้รับการทำพิธีศีลล้างบาปด้วยน้ำที่นำมาจากแม่น้ำจอร์แดน
2. เฮนรี่ (18 มกราคม ค.ศ. 1238 - พฤษภาคม ค.ศ. 1254) ถูกแต่งตั้งเป็นข้าหลวงประจำซิซิลีและได้รับการสัญญาว่าจะให้เป็นกษัตริยแห่งเยรูซาเล็มหลังพระบิดาสิ้นพระชนม์ แต่พระองค์เองก็สิ้นพระชนม์ภายในสามปีและไม่เคยได้รับการสวมมงกุฎ ถูกหมั้นหมายกับหลานสาวของพระสันตะปาปาอินโนเซนต์ที่ 4 หลายคน แต่ไม่เคยแต่งงานกับคนไหนเลย
3. ผู้สืบทอดของเฮนรี่ พระอนุชา เฟรเดอริค กษัตริย์แห่งตุสเชีย (25 พฤษภาคม ค.ศ. 1240 - 23 สิงหาคม ค.ศ. 1286)
4. มาร์กาเร็ต (1 ธันวาคม ค.ศ. 1241 - 8 สิงหาคม ค.ศ. 1270) แต่งงานกับอัลเบิร์ต แลนด์เกรฟแห่งธูริงเกีย เป็นมาร์เกรฟแห่งไมส์เซนในเวลาต่อมา