ในเกมจะมีโหมดการเล่นอยู่ทั้งหมด 4 โหมด ได้แก่ โหมดผจญภัย (Adventure) โหมดจับเวลา (Time Trial) โหมดท้าทาย (Challenge Mode) และโหมดตู้ปลาจำลอง (Virtual Tank) โดยระหว่างที่เล่นเกม ผู้เล่นจะต้องดูแลปลาทองและสัตว์เลี้ยงอื่น ๆ ภายในตู้ปลา โดยแต่ละด่านจะเริ่มด้วยปลาทองสองตัว หรืออาจมีตัวผสมพันธุ์หนึ่งตัวซึ่งจะทำให้ผู้เล่นได้ปลาทองเพิ่มอีกหนึ่งตัว[4] โดยปลาหางนกยูงและปลาอื่น ๆ จะปล่อยเงินเหรียญหรืออาจเป็นเปลือกหอยลงมาด้านล่างของตู้ปลา โดยผู้เล่นจะต้องคลิกที่เหรียญหรือเปลือกหอยนั้นเพื่อเก็บสะสมและนำเงินเหล่านี้ไปซื้อสัตว์เลี้ยง อาหาร หรืออัปเกรดอย่างอื่นเพิ่ม เช่น อัปเกรดอาวุธที่ใช้ยิงเมื่อมีเอเลี่ยนเข้ามา เพิ่มขีดจำกัดอาหารที่สามารถป้อนได้ในครั้งเดียวกัน[5] โดยผู้เล่นจะต้องให้อาหารสัตว์เลี้ยง เพื่อให้สัตว์เลี้ยงมีชีวิตรอดอยู่ได้ ซึ่งอาจเป็นอาหารปลาที่ผู้เล่นซื้อ หรือเป็นปลาสายพันธุ์อื่น นอกจากนี้ ผู้เล่นยังต้องป้องกันไม่ให้เอเลี่ยนเข้ามากินสัตว์เลี้ยงต่าง ๆ ในตู้ปลาจนหมด โดยเอเลี่ยนจะเข้ามาเป็นช่วงสั้น ๆ โดยผู้เล่นสามารถกำจัดเอเลี่ยนได้โดยการคลิกเมาส์ที่ตัวเอเลี่ยนเพื่อยิงเอเลี่ยนจนกว่าเอเลี่ยนจะหายไป[6] โดยในอินเซนิควาเรียมรุ่นดั้งเดิมจะมีเอเลี่ยนอยู่ 4 ชนิด ส่วนในรุ่นดีลักซ์จะมีอยู่ 8 ชนิด

การเล่นในแต่ละโหมด