หลังเหตุการณ์พฤษภาทมิฬ พล.อ.อิสระพงศ์ก็ได้ถูกย้ายจากผู้บัญชาการทหารบก เป็นรองปลัดกระทรวงกลาโหม[11]หลังจากนั้นยุติบทบาททางราชการและบทบาททางการเมืองทั้งหมด โดยมิได้ยุ่งเกี่ยวอีกเลย เหมือนเช่นนายทหารในคณะ รสช.คนอื่น ๆ [12] จนกระทั่งถึงแก่อนิจกรรมด้วยโรคประจำตัวเมื่อวันที่ 17 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2560 เวลา 12.00 น. ที่ โรงพยาบาลพระมงกุฎเกล้า ขณะมีอายุได้ 83 ปี