หลังจากสำเร็จการศึกษาในระดับปริญญาเอกแล้ว ได้กลับมารับราชการที่คณะวิศวกรรมศาสตร์ สถาบันเทคโนโลยีราชมงคล และได้ดำรงตำแหน่งหัวหน้าภาควิชาวิศวกรรมเครื่องกล ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2531-พ.ศ. 2539 เป็นรองคณบดีฝ่ายวิจัยและพัฒนา ในปี พ.ศ. 2539-พ.ศ. 2541 ต่อจากนั้นในปี พ.ศ. 2540 ได้รับมอบหมายให้ทำหน้าที่ผู้จัดการโครงการเงินกู้ธนาคารโลก สถาบันเทคโนโลยีราชมงคล และเป็นผู้อำนวยการสถาบันวิจัยและพัฒนาอีกตำแหน่งหนึ่ง จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2547 ได้รับแต่งตั้งเป็นผู้ช่วยอธิการบดี

ในปี พ.ศ. 2548 ได้มีการจักตั้งมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลขึ้น 9 แห่งทั่วประเทศไทย รศ.ดร.อิสสรีย์ หรรษาจรูญโรจน์ จึงได้รับการแต่งตั้งให้รักษาการรองอธิการบดี มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลกรุงเทพ และในปีเดียวกันจึงได้ผ่านการสรรหาให้ดำรงตำแหน่งอธิการบดี มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลรัตนโกสินทร์เป็นคนแรก[1]