เนื้อหาของอิสิคิลิสูตรสามารถแบ่งได้เป็น 3 ส่วน คือ ส่วนแรกสมเด็จพระผู้มีพระภาคทรงปรารภถึงที่มาและนามของภูเขาทั้งหลายที่รายล้อมกรุงราชคฤห์อันได้แก่ภูเขาเวภาระ ภูเขาปัณฑวะ ภูเขาเวปุลละ นภูเขาคิชฌกูฏ และภูเขาอิสิคิลิ โดยตรัสกับภิกษุทั้งหลายว่า ภูเขาเหล่านี้ ยกเว้นภูเขาอิสิคิลิล้วนเคยมีชื่อเรียกขาน หรือนามบัญญัคติเป็นอื่นทั้งสิ้น ดังความว่า

ข้าพเจ้าได้สดับมาอย่างนี้ สมัยหนึ่ง พระผู้มีพระภาคประทับอยู่ที่ภูเขาอิสิคิลิ เขตพระนครราชคฤห์ สมัยนั้นแล พระผู้มีพระภาคตรัสเรียกภิกษุทั้งหลายว่า ดูกรภิกษุทั้งหลาย ภิกษุ เหล่านั้นทูลรับพระดำรัสแล้ว ฯ

พระผู้มีพระภาคตรัสถามดังนี้ว่า ดูกรภิกษุทั้งหลาย บรรดาเราทั้งหลายนี่ พวกเธอแลเห็นภูเขาเวภาระนั่นหรือไม่ ฯ

ภิกษุเหล่านั้นทูลว่า เห็น พระพุทธเจ้าข้า ฯ

พ. ดูกรภิกษุทั้งหลาย ภูเขาเวภาระนั่นแล มีชื่อเป็นอย่างหนึ่ง มีบัญญัติเป็นอีกอย่างหนึ่ง ดูกรภิกษุทั้งหลาย พวกเธอแลเห็นภูเขาปัณฑวะนั่นหรือไม่ ฯ

ภิ. เห็น พระพุทธเจ้าข้า ฯ

พ. ดูกรภิกษุทั้งหลาย แม้ภูเขาปัณฑวะนั่นแล ก็มีชื่อเป็นอย่างหนึ่งมีบัญญัติเป็นอีกอย่างหนึ่ง ดูกรภิกษุทั้งหลาย พวกเธอแลเห็นภูเขาเวปุลละนั่นหรือไม่ ฯ

ภิ. เห็น พระพุทธเจ้าข้า ฯ

พ. ดูกรภิกษุทั้งหลาย แม้ภูเขาเวปุลละนั่นแล ก็มีชื่อเป็นอย่างหนึ่งมีบัญญัติเป็นอีกอย่างหนึ่ง ดูกรภิกษุทั้งหลาย พวกเธอแลเห็นภูเขาคิชฌกูฏนั่นหรือไม่ ฯ

ภิ. เห็น พระพุทธเจ้าข้า ฯ

พ. ดูกรภิกษุทั้งหลาย แม้ภูเขาคิชฌกูฏนั่นแล ก็มีชื่อเป็นอย่างหนึ่งมีบัญญัติเป็นอีกอย่างหนึ่ง ดูกรภิกษุทั้งหลาย พวกเธอแลเห็นภูเขาอิสิคิลินี้หรือไม่ ฯ

ภิ. เห็น พระพุทธเจ้าข้า ฯ[2]

จากนั้นสมเด็จพระพระผู้มีพระภาคตรัสถึงมูลเหตุอันทำให้ภูเขาอิสิคิลิมีนามดังนี้ คืออิสิคิลิ กล่าวคือ ภูเขาซึ่งกลืนกินฤาษี (อิสี คิละติ คิ - อิสิคิลิ)[3] ขณะที่ปปัญจสูทนี อรรถกถามัชฌิมนิกาย อธิบายเพิ่มเติมว่า ที่พระองค์ปรารภเรื่องภูเขาอิสิคิลิมิใช้ด้วยพระองค์ปรารถนาจะเล่าขานเร่องภูเขา แต่ทรงปรารถนาจะตรัสเล่าเร่ืองราวของพระปัจเจกพุทธเจ้า ณ ภูเขาแห่งนี้ โดยทรงเล่าไว้ดังนี้ว่า

พ. ดูกรภิกษุทั้งหลาย แต่ภูเขาอิสิคิลินี้แล มีชื่อก็เช่นนี้ มีบัญญัติก็เช่นนี้ ฯ

ดูกรภิกษุทั้งหลาย เรื่องเคยมีมาแล้ว พระปัจเจกพุทธ ๕๐๐ องค์ได้อาศัยอยู่ที่ภูเขาอิสิคิลินี้มานาน พระปัจเจกพุทธเหล่านั้น เมื่อกำลังเข้าไปสู่ภูเขานี้ คนแลเห็น แต่ท่านเข้าไปแล้ว คนไม่แลเห็น มนุษย์ทั้งหลายเห็นเหตุดังนี้นั้น จึงพูดกันอย่างนี้ว่า ภูเขาลูกนี้ กลืนกินฤาษีเหล่านี้ ชื่อว่า อิสิคิลิ นี้แลจึงได้เกิดขึ้น ดูกรภิกษุทั้งหลาย เราจักบอก จักระบุ จักแสดงชื่อของพระปัจเจกพุทธทั้งหลาย พวกเธอจงฟัง จงใส่ใจให้ดี เราจักกล่าวต่อไป ภิกษุเหล่านั้นทูลรับพระผู้มีพระภาคว่า ชอบแล้ว พระพุทธเจ้าข้า ฯ [4]

จากนั้นสมเด็จพระผู้มีพระภาคเจ้าทรงเอ่ยพระนามของพระปัจเจกพุทธเจ้า ทั้งหลาย ซึ่งเคยประทับในภูเขาอิสิคิลิ ดังเนื้อความในพระไตรปิฎกก ว่าดังนี้

พระผู้มีพระภาคจึงได้ตรัสดังนี้ว่า ดูกรภิกษุทั้งหลาย พระปัจเจกสัมพุทธชื่ออริฏฐะ ๑ ชื่ออุปริฏฐะ ๑ ชื่อตครสิขี ๑ ชื่อยสัสสี ๑ ชื่อสุทัสสนะ ๑ ชื่อปิยทัสสี ๑ ชื่อคันธาระ ๑ ชื่อปิณโฑละ ๑ ชื่ออุปาสภะ ๑ ชื่อนิถะ ๑ ชื่อตถะ ๑ ชื่อสุตวา ๑ ชื่อภาวิตัตตะ ๑ ได้อาศัยอยู่ที่ภูเขาอิสิคิลินี้มานาน [5]

เธอทั้งหลาย จงฟังเราระบุชื่อของท่านที่มีธรรมเป็นสาระกว่าสัตว์ ไม่มีทุกข์ หมดความอยาก ได้บรรลุโพธิญาณอย่างดี เฉพาะตนผู้เดียว ผู้ปราศจากลูกศร สูงกว่านรชน ต่อไปเถิด พระปัจเจกพุทธ ผู้มีตัณหาเครื่องนำไปในภพสิ้นแล้ว คือ อริฏฐพุทธ ๑ อุปริฏฐพุทธ ๑ ตครสิขีพุทธ ๑ ยสัสสีพุทธ ๑ สุทัสสนพุทธ ๑ ปิยทัสสีพุทธ ๑ คันธารพุทธ ๑ ปิณโฑลพุทธ ๑ อุปาสภพุทธ ๑ นิถพุทธ ๑ ตถพุทธ ๑ สุตวาพุทธ ๑ ภาวิตัตตพุทธ ๑ สุมภพุทธ ๑ สุภพุทธ ๑ เมถุลพุทธ ๑ อัฏฐมพุทธ ๑ อัสสุเมฆพุทธ ๑ อนิฆพุทธ ๑ สุทาฐพุทธ ๑ พระปัจเจกพุทธ ผู้มีอานุภาพมาก คือ หิงคูพุทธ ๑ หิงคพุทธ ๑ พระมุนีชื่อชาลีมี ๒ องค์ และอัฏฐกพุทธ ๑ โกสัลลพุทธ ๑ อถพุทธ ๑ สุพาหุพุทธ ๑ อุปเนมิพุทธ ๑ เนมิพุทธ ๑ สันตจิตตพุทธ ๑ สัจจพุทธ ๑ ตถพุทธ ๑ วิรชพุทธ ๑ ปัณฑิตพุทธ ๑ กาฬพุทธ ๑ อุปกาฬพุทธ ๑ วิชิตพุทธ ๑ ชิตพุทธ ๑ อังคพุทธ ๑ ปังคพุทธ ๑ คุติจฉิตพุทธ ๑ ปัสสีพุทธ ๑ ได้ละอุปธิอันเป็นมูลแห่งทุกข์แล้ว อปราชิตพุทธได้ชนะมารและพลมาร สัตถาพุทธ ๑ ปวัตตาพุทธ ๑ สรภังคพุทธ ๑ โลมหังสพุทธ ๑ อุจจังคมายพุทธ ๑ อสิตพุทธ ๑ อนาสวพุทธ ๑ มโนมยพุทธ ๑ พันธุมาพุทธ ๑ ผู้ตัดมานะได้ ตทาธิมุตพุทธ ๑ วิมลพุทธ ๑ เกตุมาพุทธ ๑ เกตุมพราคพุทธ ๑ มาตังคพุทธ ๑ อริยพุทธ ๑ อัจจุตพุทธ ๑ อัจจุตคามพยามกพุทธ ๑ สุมังคลพุทธ ๑ ทัพพิลพุทธ ๑ สุปติฏฐิตพุทธ ๑ อสัยหพุทธ ๑ เขมาภิรตพุทธ ๑ โสรตพุทธ ๑ ทุรันนยพุทธ ๑ สังฆพุทธ ๑ อุชชยพุทธ ๑ พระมุนี ชื่อสัยห อีกองค์หนึ่งผู้มีความเพียรไม่ทราม พระพุทธ ชื่ออานันทะ ชื่อนันทะ ชื่ออุปนันทะ ๑๒ องค์ และภารทวาชพุทธ ผู้ทรงร่างกายในภพสุดท้าย โพธิพุทธ ๑ มหานามพุทธ ๑ อุตตรพุทธ ๑ เกสีพุทธ ๑ สิขีพุทธ ๑ สุนทรพุทธ ๑ ภารทวาชพุทธ ๑ ติสสพุทธ ๑ อุปติสสพุทธ ๑ ผู้ตัดกิเลสเครื่องผูกในภพได้ อุปสีทรีพุทธ และสีทรีพุทธ ผู้ตัดตัณหาได้ มังคลพุทธ เป็นผู้ปราศจากราคะ อุสภพุทธ ผู้ตัดข่ายอันเป็นมูลแห่งทุกข์ อุปณีตพุทธ ได้บรรลุบทอันสงบ อุโปสถพุทธ ๑ สุนทรพุทธ ๑ สัจจนามพุทธ ๑ เชตพุทธ ๑ ชยันตพุทธ ๑ ปทุมพุทธ ๑ อุปปลพุทธ ๑ ปทุมุตตรพุทธ ๑ รักขิตพุทธ ๑ ปัพพตพุทธ ๑ มานัตถัทธพุทธ ๑ โสภิตพุทธ ๑ วีตราคพุทธ ๑ กัณหพุทธ ๑ ผู้มีจิตพ้นวิเศษดีแล้ว พระปัจเจกพุทธ ผู้มีอานุภาพมากเหล่านี้ และอื่นๆ มีตัณหาเครื่องนำไปในภพสิ้นแล้ว เธอทั้งหลายจง ไหว้พระปัจเจกพุทธเหล่านั้น ผู้ล่วงเครื่องข้องทั้งปวงได้แล้ว ผู้แสวงหาคุณใหญ่ ผู้มีคุณนับไม่ถ้วน ผู้ปรินิพพานแล้วเถิด ฯ [6]