ในที่สุดก็เกิดรอยร้าวระหว่างอีดี อามินกับประธานาธิบดีมิลตัน โอเบเต ความสัมพันธ์ที่เลวร้ายลงนั้นเกิดจากมีการหนุนให้อามินสร้างกองทัพทหารด้วยการรับทหารใหม่จากดินแดนแถบตะวันตกของแม่น้ำไนล์ ความเกี่ยวข้องของเขาในการปฏิบัติการเพื่อสนับสนุนการก่อจลาจลทางตอนใต้ของประเทศซูดาน และพยายามสังหารโอเบเต้ในปี พ.ศ. 2512 ต่อมาในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2513 โอเบเตได้เข้ามาควบคุมกองทัพทหารด้วยตัวเอง ทำให้ลดอำนาจของอามินโดยปริยาย[18]

อามินทราบถึงแผนการที่โอเบเต้จะจับกุมตัวเขาในข้อหายักยอกเงินทุนของกองทัพ ในวันที่ 15 มกราคม พ.ศ. 2514 อามินจึงทำการยึดอำนาจ ขณะที่โอเบเตกำลังเข้าร่วมประชุมสุดยอดผู้นำเครือจักรภพแห่งชาติ ณ ประเทศสิงคโปร์ ทหารที่จงรักภักดีต่ออามินทำการยึดท่าอากาศยานนานาชาติเอนเทบเบ ซึ่งเป็นเส้นทางหลักสำคัญในการเข้าประเทศยูกันดาและเมืองกัมปาลา ทหารเข้าห้อมล้อมทำเนียบของโอเบเตและปิดถนนหลัก มีการออกอากาศทางวิทยุ[19]ของยูกันดากล่าวหาว่ารัฐบาลของโอเบเต้ฉ้อราษฎร์บังหลวง และมีสิทธิพิเศษเหนือดินแดนแลนโก (เมืองหนึ่งในประเทศยูกันดา) หลังจบการรายงานทางวิทยุฝูงชนต่างออกมาไชโยโห่ร้องกันทั่วท้องถนนของเมืองกัมปาลา อามินประกาศว่าเขานั้นเป็นทหาร ไม่ใช่นักการเมือง และนี่คือรัฐบาลทหารที่อยู่เพื่อปกครองดูแลบ้านเมืองจนกระทั่งมีการเลือกตั้งครั้งใหม่เท่านั้น ซึ่งการประกาศนั้นเกิดขึ้นเมื่อสถานการณ์เริ่มเป็นปกติ และเขายังให้สัญญาว่าจะปลดปล่อยนักโทษทางการเมืองอีกด้วย[20]

อีดี อามิน ได้รับการยอมรับทั้งภายในประเทศยูกันดาและนานาอารยประเทศ เขาอนุญาตให้มีการนำร่างของอดีตกษัตริย์และประธานาธิบาดีมูเทซา เอ็ดเวิร์ดที่ 2 (สิ้นพระชนม์ระหว่างถูกเนรเทศ) มาประกอบพิธีฝังพระศพไว้ในประเทศเมื่อเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2518 ทำการปลดปล่อยนักโทษทางการเมืองหลายคน และอามินยังย้ำคำมั่นสัญญาที่จะให้มีการจัดการเลือกตั้งเพื่อคืนอำนาจประชาธิปไตยให้แก่ประชาชนในเวลาอันสั้น[21]