กว่า 1,000 สายพันธุ์ของสิ่งมีชีวิตทางทะเลที่อาศัยอยู่ในปะการัง หลายสายพันธุ์ถูกพิจารณาว่าเสี่ยงต่ออันตราย สายพันธุ์สัตว์ที่ค้นพบรวมถึงปลากระเบนแมนตา ปลาสิงโต เต่าทะเล ปลาการ์ตูน และฉลาม ตุบบาตาฮากลายเป็นสถานที่ที่ได้รับความนิยมสำหรับนักดำน้ำสันทนาการ เพราะกำแพงปะการังที่ซึ่งมีแนวปะการังน้ำตื้นและความลึกที่พอเหมาะ กำแพงเหล่านี้ยังเป็นที่อยู่ของกลุ่มปลาที่หลากหลาย เช่น ปลากะมงพร้าว ปลาฉลามหัวค้อน ปลาสาก ปลาโนรีเทวรูป ปลานโปเลียน ปลานกแก้ว ปลาไหลมอเรย์ที่อาศัยอยู่ในที่หลบภัยของมัน และยังมีการรายงานการพบปลาฉลามวาฬ ปลาฉลามเสือ รวมถึงเต่ากระซึ่งเป็นสายพันธุ์ที่อยู่ในอันตราย