กรมป่าไม้ได้รับหนังสือจากสำนักงานป่าไม้จังหวัดตราด แจ้งว่า ในที่ประชุมคณะอนุกรรมการป้องกันและปราบปรามการลักลอบทำลายทรัพยากรป่าไม้ ประจำอำเภอเขาสมิง ครั้งที่ 1/2538 เมื่อวันที่ 15 กันยายนพ.ศ. 2538 มีมติเห็นสมควรกำหนดพื้นที่ป่าบริเวณป่าเขาชะอม เขาคลองปุก และเขามะปริง ในเขตป่าสงวนแห่งชาติป่าเขาสมิง (ป่าคลองใหญ่-เขาไฟไหม้) อันเป็นพื้นที่ป่าอนุรักษ์ อยู่ในท้องที่อำเภอเขาสมิงและอำเภอบ่อไร่ จังหวัดตราด เป็นวนอุทยานหรืออุทยานแห่งชาติ เนื่องจากสภาพป่ายังคงความอุดมสมบูรณ์และมีสัตว์ป่าอยู่ชุกชุม กรมป่าไม้จึงมีคำสั่งที่ 55/2540 ลงวันที่ 10 มกราคม พ.ศ. 2540 ให้นายประยูร พงศ์พันธ์ เจ้าพนักงานป่าไม้ 5 ส่วนอุทยานแห่งชาติ ไปดำเนินการสำรวจพื้นที่ดังกล่าวและพื้นที่ใกล้เคียง จากการสำรวจข้อมูลเบื้องต้นมีความเห็นว่า พื้นที่บริเวณป่าเขาชะอม เขาคลองปุก เขามะปริง เขาแก้ว เขาตาบาด เขาตาโชติ และเขากำแพง สมควรจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติ โดยใช้ชื่อว่า อุทยานแห่งชาติน้ำตกคลองแก้ว

กรมป่าไม้จึงได้มีคำสั่งที่ 1746/2540 ลงวันที่ 21 ตุลาคม พ.ศ. 2540 ให้นายประยูร พงศ์พันธ์ เจ้าพนักงานป่าไม้ 5 ไปทำหน้าที่หัวหน้าควบคุมพื้นที่ที่จะประกาศเป็นอุทยานแห่งชาติน้ำตกคลองแก้ว จังหวัดตราด และต่อมาคณะทำงานเพื่อพิจารณาก่อนนำเรื่องเสนอคณะกรรมการอุทยานแห่งชาติ มีความเห็นให้สำรวจพื้นที่บริเวณป่าบริเวณเขาปอใหม่ เขาบึงพะวาดำ เขาเอ็ด เขาคลองวังโพธิ์ เขาคลองปูน เพิ่มเติม และต่อมานายประยูร พงศ์พันธ์ หัวหน้าอุทยานแห่งชาติน้ำตกคลองแก้ว ได้นำเสนอรายละเอียดการสำรวจข้อมูลเบื้องต้นพื้นที่ที่จะจัดตั้งอุทยานแห่งชาติน้ำตกคลองแก้ว ซึ่งอยู่ในเขตป่าสงวนแห่งชาติป่าเขาสมิง (ป่าคลองใหญ่-เขาไฟไหม้) เนื้อที่ประมาณ 123,700 ไร่ หรือ 197.92 ตารางกิโลเมตร ในท้องที่ตำบลหนองบอน ตำบลช้างทูน ตำบลบ่อพลอย ตำบลนนทรีย์ และตำบลด่านชุมพล อำเภอบ่อไร่ จังหวัดตราด เสนอที่ประชุมคณะอนุกรรมการป้องกันและปราบปรามการลักลอบทำลายทรัพยากรป่าไม้ประจำจังหวัดตราด ครั้งที่ 4/2543 เมื่อวันที่ 28 กรกฎาคม พ.ศ. 2543 ซึ่งที่ประชุมพิจารณาให้ความเห็นชอบในการจัดตั้งอุทยานแห่งชาติน้ำตกคลองแก้ว และได้นำเรื่องเข้าสู่การพิจารณาของคณะกรรมการอุทยานแห่งชาติ ครั้งที่ 2/2543 เมื่อวันที่ 30 ตุลาคม 2543 ซึ่งที่ประชุมมีมติเห็นชอบให้ดำเนินการจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติได้