พื้นที่อุทยานแห่งชาติน้ำตกคลองแก้วส่วนใหญ่เป็นทิวเขาสลับซับซ้อนไม่มากนักของทิวเขาบรรทัด ประกอบด้วยเขาแก้ว เขาตาบาด เขาตาโชติ และเขากำแพง ส่วนยอดเขาเป็นแนวแบ่งเขตประเทศไทยกับประเทศกัมพูชา มีความสูงจากระดับน้ำทะเลตั้งแต่ 100-836 เมตร ยอดเขาที่สูงที่สุด คือ ยอดเขาบาด ซึ่งมีความสูงถึง 836 เมตรจากระดับน้ำทะเล สภาพภูมิประเทศเช่นนี้ก่อให้เกิดสายน้ำหลายสาย เช่น คลองลึก คลองแอ่งปุก คลองแก้ว คลองตาบาด คลองหินเพลิง คลองลือ คลองกะใจ คลองมะละกอ ฯลฯ สายน้ำแต่ละสายจะไหลลงสู่คลองสะตอแล้วออกสู่ทะเลอ่าวไทย