อุทยานแห่งชาติภูกระดึงอยู่ภายใต้การดูแลของสำนักอุทยานแห่งชาติ กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช และมีสำนักบริหารพื้นที่อนุรักษ์ที่ 8 เป็นผู้ประสานงาน มีหน่วยงานในพื้นที่ได้แก่ หน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติ ที่ ลย.1 (วังกวาง) หน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติ ที่ ลย.2 (อีเลิศ) หน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติ ที่ ลย.3 (นาน้อย) หน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติ ที่ ลย.4 (พองหนีบ) หน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติ ที่ ลย.5 (หนองผักบุ้ง) และ หน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติ ที่ ลย.6 (ภูขี้ไก่)[6]

การบริหารจัดการพื้นที่ของอุทยานจากแผนแม่บทการจัดการพื้นที่อุทยานแห่งชาติภูกระดึง ซึ่งจัดทำโดยศูนย์วิจัยป่าไม้ คณะวนศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ พ.ศ. 2534 ได้มีการจัดแบ่งเขตการจัดการพื้นที่อุทยานแห่งชาติภูกระดึงออกเป็นเขตต่างๆ โดยอาศัยสภาพแวดล้อมและการใช้ประโยชน์พื้นที่เป็นเกณฑ์ดังนี้[4]

1. เขตบริการ เป็นบริเวณที่มีการพัฒนาสิ่งก่อสร้างและสิ่งอำนวยความสะดวกต่างๆ เพื่อให้บริการแก่นักท่องเที่ยวในเขตนี้ประกอบด้วย ศูนย์บริการนักท่องเที่ยวศรีฐานและศูนย์บริการนักท่องเที่ยววังกวาง
2. เขตท่องเที่ยวและนันทนาการ เป็นบริการที่ให้นักท่องเที่ยวได้ประกอบกิจกรรมต่างๆ เพื่อการพักผ่อนหย่อนใจสามารถเข้าถึงได้โดยไม่ก่อให้เกิดการทำลายหรือความเสียหายต่อธรรมชาติ ได้แก่ บริการจุดท่องเที่ยวที่กำหนดไว้ให้ตามทางเดินเท้าบนที่ราบภูกระดึงและทางเดินเท้าขึ้น-ลงภูกระดึง
3. เขตการใช้พื้นที่เพื่อวัตถุประสงค์พิเศษ ได้แก่ สถานีวิทยุโทรคมนาคมของกองทัพอากาศ
4. เขตหวงห้าม เขตนี้กำหนดขึ้นเพื่อครอบคลุมบริเวณที่มีทรัพยากรธรรมชาติ ซึ่งมีคุณค่ายิ่งในทางวิทยาศาสตร์ เหมาะแก่การอนุรักษ์เพื่อการค้นคว้าวิจัย ได้แก่ พื้นที่ราบยอดภูกระดึงทางด้านทิศเหนือครอบคลุมพื้นที่ 3 ใน 4 ของที่ราบยอดภูกระดึง
5. เขตป่าเปลี่ยว เป็นบริเวณพื้นที่ที่ยังคงลักษณะความเป็นธรรมชาติดั้งเดิมอยู่อย่างมาก ได้แก่ บริเวณที่ราบยอดภูกระดึงและพื้นที่ไหล่เขา เชิงเขา และที่ราบอื่นๆโดยรอบภูกระดึง