ระบบนิเวศในพื้นที่อุทยานแห่งชาติเขาคิชฌกูฎสามารถแบ่งออกได้หลักๆ 2 ประเภท คือ

• ป่าดิบชื้น ครอบคลุมพื้นที่ส่วนใหญ่ของอุทยานแห่งชาติ พันธุ์ไม้ที่ขึ้นอยู่ได้แก่ ยางแดง กระบาก หย่อง มะก่อ บุนนาค ลูกดิ่ง สารภี เนียนดำ มะไฟ จิกดง มะซาง ดีหมี เลือดควาย สำรอง กระบกกรัง ฯลฯ
• ป่าดิบเขา จะอยู่สูงจากระดับน้ำทะเลมากกว่า 800 เมตรขึ้นไป หรือจะพบเฉพาะบริเวณยอดเขา เช่น เขาพระบาทพลวง พันธุ์ไม้ที่พบได้แก่ มะก่อ กระบกกรัง สารภี บุนนาค ทำมัง พิมเสนป่า พลอง คอเหี้ย ชันใบใหญ่ รง พลับ อบเชย และดีหมี เป็นต้น