ลักษณะภูมิอากาศบริเวณอุทยานแห่งชาติเขาคิชฌกูฎอยู่ภายใต้อิทธิพลของลมมรสุมตะวันออกเฉียงเหนือ และลมมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ โดยช่วงตั้งแต่กลางเดือนตุลาคมถึงกลางเดือนกุมภาพันธ์อากาศหนาวเย็น ท้องฟ้าโปร่ง ในช่วงกลางเดือนพฤษภาคมถึงกลางเดือนตุลาคมจะมีความชื้นในอากาศสูง เกิดเมฆและฝนตกหนัก ปริมาณน้ำฝนเฉลี่ยปีละ 2,900 มิลลิเมตร ช่วงฤดูร้อนระหว่างเดือนกุมภาพันธ์-เดือนเมษายน เป็นช่วงเวลาที่เปลี่ยนอิทธิพลจากลมตะวันออกเฉียงเหนือเป็นลมมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ อุณหภูมิเฉลี่ยทั้งปี 27 องศาเซลเซียส