ด้วยพื้นที่อุทยานแห่งชาติแก่งตะนะอยู่ในเขตมรสุม ซึ่งมี 3 ฤดู ดังนี้

• ฤดูร้อน จะไม่ร้อนจนเกินไป ระหว่างเดือนกุมภาพันธ์-พฤษภาคม อุณหภูมิประมาณ30◦-35◦
• ฤดูหนาว ก็ไม่หนาวจัด ระหว่างเดือนตุลาคม-มกราคม อุณหภูมิประมาณ 18◦- 22◦
• ฤดูฝน ระหว่างเดือนมิถุนายน-กันยายน อุณหภูมิประมาณ 25◦-30 ◦ ฝนค่อนข้างตกชุก

จึงทำให้นักท่องเที่ยวนิยมเข้าไปเที่ยวในช่วงปลายฤดูฝนเพราะอากาศจะร่มรื่นเย็นสบาย และพันธุ์ไม้ดอกขึ้นเป็นจำนวนมาก