ผลงานส่วนใหญ่ของเขาประสบความสำเร็จทั้งในด้านรายได้และคำชื่นชมมาโดยตลอด ภาพยนตร์ของมิยาซากิมักเน้นที่ความสัมพันธ์ระหว่างมนุษย์ท่ามกลางภาพที่ยิ่งใหญ่และงดงามของธรรมชาติ รวมถึงการมองโลกที่เต็มไปด้วยเรื่องเลวร้ายด้วยสายตาที่ดีที่สุดเท่าที่มนุษย์คนหนึ่งจะทำได้ มิยาซากิเริ่มทำงานกับสตูดิโอโตเอะ ในค.ศ. 1965 ซึ่งที่นี่เขาได้พบกับอิซาโอะ ทาคาฮาตะ (Isao Takahata) ซึ่งนำไปสู่การก่อตั้งสตูดิโอจิบลิในช่วงต่อมา ภาพยนตร์เรื่องแรกที่เขากำกับคือ จอมโจรลูแปงที่ 3 ตอนปราสาทของคาริออสโตร (The Castle of Cagliostro) (1979) ผลงานชิ้นถัดมาทำให้เขากลายเป็นที่รู้จักในวงการก็คือ เนาซิก้าแห่งหุบผาสายลม (Nausicaä of the Valley of Wind) ซึ่งสร้างมาจากนิยายภาพที่เขาเป็นผู้แต่งขึ้นเอง ความสำเร็จและการได้รับการตอบรับของเนาซิก้า ทำให้เขากับทาคาฮาตะได้ก่อตั้งสตูดิโอจิบลิขึ้นมาภายใต้การสนับสนุนด้านการเงินของกลุ่มสิ่งพิมพ์โทคุมะ

ผลงานเรื่องต่อมาของมิยาซากิซึ่งถือเป็นเรื่องแรกกับสตูดิโอจิบลิอย่างเป็นทางการคือ ลาพิวตา: คาสเซิลอินเดอะสกาย (Laputa: Castle in the Sky) (1986) เป็นเรื่องราวเกี่ยวกับการผจญภัยของเด็กชายหญิงคู่หนึ่งเพื่อตามหาปราสาทลอยฟ้าในตำนานลาพิวตา ได้รับการตอบรับจากผู้ชมไม่แพ้เนาซิก้า ความเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่ในแนวภาพยนตร์ของมิยาซากิเกิดขึ้นใน โทนาริ โน โต๊ะโตะโระ (1988) เรื่องราวความสัมพันธ์ระหว่างเด็กหญิงสองคนพี่น้องกับตัวโต๊ะโตะโระ ไม่มีการผจญภัยที่น่าตื่นเต้นที่ผู้ชมคาดหวังไว้เหมือนภาพยนตร์สองเรื่องก่อนหน้า โดยเน้นถึงการผจญภัยของเด็กสองคน ในโลกแห่งใหม่ เน้นที่ความเรียบง่ายและน่าประทับใจของเรื่องราว ทำให้เมื่อออกฉายครั้งแรกจึงไม่ประสบความสำเร็จเรื่องรายได้มากนัก แต่กลับได้รับคำชมอย่างมากมายโดยเฉพาะจาก คุโรซะวะ อะกิระปรมาจารย์แห่งวงการภาพยนตร์ญี่ปุ่นถึงกับยกย่องให้เป็น 1 ใน 100 ภาพยนตร์ที่เขาชื่นชอบ แต่อย่างไรก็ตามมิยาซากิก็กลับมาประสบความสำเร็จในแง่การตอบรับจากผู้ชมอีกครั้งด้วยภาพยนตร์ กิกิส์ดีลิเวอรีเซอร์วิส (Kiki's Delivery Service) เรื่องราวในช่วงเปลี่ยนผ่านจากเด็กหญิงสู่วัยรุ่นของแม่มดน้อยฝึกหัด ที่ต้องจากบ้านมาเพื่อเรียนรู้ที่จะอยู่ในโลกกว้างด้วยตัวของเธอเอง

ภาพยนตร์เรื่องถัดมาของมิยาซากิคือ พอร์โค รอสโซ (Porco Rosso) เรื่องราวของนักบินในยุคสงครามในยุโรป หลังจากที่ถูกสาปให้เป็นหมู พอร์โคได้กลายมาเป็นนักล่าโจรสลัด เนื้อเรื่องค่อนข้างต่างออกไปจากภาพยนตร์เรื่องอื่น ๆ ของเขา กล่าวคือ มิยาซากิยอมรับว่า พอร์โค รอสโซ คือ "หนังส่วนตัว" ของเขา ซึ่งสะท้อนถึง 2 สิ่งในความเป็นตัวมิยาซากิเองนั่นคือ ความหลงใหลในเครื่องบินโบราณ กับ หมู (มิยาซากิชอบวาดภาพล้อตนเองเป็นหมูเหมือนตัวเอกของหนัง พอร์โค รอสโซ) ความแตกต่างของเรื่องนี้จากเรื่องอื่น ๆ ก็คือตัวละครเอกไม่ได้เป็นเด็กผู้หญิงรวมถึงตัวหนังเองไม่น่าจะจัดประเภทให้เป็นภาพยนตร์สำหรับเด็กได้ เมื่อ พอร์โค รอสโซออกฉายประสบความสำเร็จเหนือความคาดหมายของตัวเขาเองด้วย ต่อมาปี ค.ศ. 1997 มิยาซากิกำกับเรื่อง เจ้าหญิงโมะโนะโนะเกะ (Princess Mononoke) ภาพยนตร์ย้อนยุคที่ฉีกแนวไปใช้ ในยุคมุโระมะจิ ยุคญี่ปุ่นโบราณ เป็นฉากหลังซึ่งต่างไปจากภาพยนตร์แอนิเมชันญี่ปุ่น ส่วนใหญ่ที่นิยมให้ท้องเรื่องอยู่ในโลกอนาคต เจ้าหญิงโมะโนะโนะเกะประสบความสำเร็จอย่างมากทั้งคำชมเชยและรายได้ รวมถึงกลายเป็นภาพยนตร์ที่ทำรายได้สูงที่สุดในประวัติศาสตร์ญี่ปุ่นในขณะนั้น (ภายหลัง ไททานิค ได้ขึ้นมาเป็นอันดับหนึ่งแทน) และส่งผลให้ชื่อของมิยาซากิกลายเป็นที่รู้จักมากขึ้นในนานาประเทศ

มิยาซากิเคยประกาศจะหยุดกำกับภาพยนตร์ ก่อนจะเปลี่ยนใจมากำกับเรื่อง สปิริตเต็ดอเวย์ อันเป็นเรื่องราวเกี่ยวกับเด็กผู้หญิงคนหนึ่งที่พลัดหลงเข้าไปในดินแดนประหลาดของ เทพเจ้า ภาพยนตร์เรื่องนี้สามารถทำลายสถิติรายได้สูงสุดถึง 30.4 ล้ายเยน นำไททานิคได้ และได้รับรางวัลออสการ์สาขาภาพยนตร์แอนิเมชันยอดเยี่ยมในปี ค.ศ. 2002

ภาพยนตร์เรื่องล่าสุดของเขาคือ ฮาวล์สมูฟวิงแคสเสิล จากบทประพันธ์ของ ไดแอนา ไวนน์ โจนส์ เป็นเรื่องของเด็กสาวคนหนึ่งที่ถูกสาปให้เป็นหญิงชราแล้วต้องออกเดินทางหาพ่อมดผู้เป็นเจ้าของปราสาทเดินได้เพื่อถอนคำสาปให้ตน ฮาวล์สมูฟวิงแคสเสิลออกฉายในญี่ปุ่นปลายปี ค.ศ. 2004 ซึ่งก็ประสบความสำเร็จตามความคาดหมาย และจะนำเข้าไปฉายในสหรัฐโดยดิสนีย์ในปี ค.ศ. 2005 หลังมิยาซากิหยุดพักการทำงานแอนิเมชันอีกครั้ง เขาก็กลับมาสร้างผลงานชิ้นล่าสุด โปเนียว ธิดาสมุทรผจญภัย ซึ่งทำให้สตูดิโอจิบลิกลับมาประสบความสำเร็จอีกครั้ง หลังกระแสตอบรับที่ไม่ดีนักกับภาพยนตร์อนิเมะที่กำกับโดยบุตรชาย