ชื่อของมิยาซากิมักถูกอ้างถึงในฐานะผู้กำกับภาพยนตร์แอนิเมชัน ทั้งที่จริง ๆ แล้วตัวเขาเองก็มีผลงานนิยายภาพที่เป็นที่รู้จักไม่แพ้ภาพยนตร์ นั่นคือมังงะหรือนิยายภาพเรื่อง เนาซิก้าแห่งหุบผาสายลม มิยาซากิเขียนเรื่องนี้เป็นมังงะก่อน ขณะที่เขาไม่มีงานทางทีวีและภาพยนตร์ เมื่อ เนาซิก้าแห่งหุบผาสายลมตีพิมพ์ไปได้ประมาณ 1 ปีก็เริ่มเป็นที่นิยม ทางนิตยสารอะนิเมจ (Animage) จึงขอให้มิยาซากินำมาทำเป็นภาพยนตร์ (ทั้ง ๆ ที่ก่อนหน้านี้เคยขอไว้ว่าอย่าทำเรื่องนี้เป็นภาพยนตร์) เมื่อภาพยนตร์ออกฉาย (เนื้อหาอ้างอิงประมาณ เล่มที่ 1 และ 2 ของการ์ตูน) และประสบความสำเร็จ จึงเป็นที่มาของการก่อตั้งสตูดิโอจิบลิในเวลาต่อมา ระหว่างที่เขากำกับภาพยนตร์เรื่องอื่น ๆ มิยาซากิก็ยังเขียนเนาซิก้าอย่างต่อเนื่องใช้เวลาเกือบ 13 ปี กว่าที่เขาจะตัดสินใจจบการ์ตูนชุดนี้ลง ทั้งนั้นทั้งนี้เนื้อหาของเนาซิก้า ในฉบับการ์ตูนจะแตกต่างไปจากฉบับภาพยนตร์มาก ทั้งในแง่ความซับซ้อนของเรื่องและความคิดของผู้ประพันธ์เอง ถือได้ว่าเนาซิก้า ฉบับนิยายภาพ (7 เล่ม) เป็นงานที่มีสะท้อนตัวตนและความคิดของมิยาซากิได้มากที่สุด

ขณะที่ผลงานมังงะเรื่องอื่น ๆ (หรือจริง ๆ แล้วควรเรียกว่า "บทความภาพ" อาจเหมาะสมกว่า) ของมิยาซากิก็มี People of the Desert, Journey of Shuna(เป็นต้นแบบของ Princess Momonoke), Daydream Data Note (การ์ตูนสั้น ๆ เกี่ยวกับเครื่องบิน, เรือรบ, รถถัง ในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 มีเรื่อง "The Age of Seaplane" ที่เป็นต้นฉบับของ Porco Rosso), Tiger in the Mud, Returns of Huns, To My Sister (การ์ตูนสั้น 8 หน้าจบ) รวมถึงการเขียนภาพหน้าปกให้กับหนังสือวรรณกรรมต่าง ๆ นอกจากนี้ยังมีผลงานรวมเล่มภาพสตอรี่บอร์ดที่มิยาซากิเขียนไว้ตั้งแต่สมัยทำงานทีวีอยู่ด้วย