ฮานาซากิ สึโบมิ นักเรียนชั้น ม.2 ที่ชอบดอกไม้และพืชพันธุ์ต่างๆ มาก ในวันหนึ่งเธอได้เห็นความฝันอันแสนประหลาดต้นไม้ใหญ่ที่ผลิดอกไม้อันงดงาม แต่จู่ๆ ดอกไม้ทั้งหมดได้ร่วงลงมาแล้วมีภูติบินออกมาจากที่นั่น หลายวันต่อมา เบื้องหน้าของสึโบมิที่ย้ายเข้ามาที่โรงเรียนเมียวโด เธอมองเห็นภูติที่พบในความฝันปรากฏตัวขึ้น ภูติตนนั้นได้พูดขอร้องกับสึโบมิว่า "จงเป็นนักรบในตำนานพริตตี้เคียว เพื่อปกป้องต้นไม้ใหญ่แห่งจิตใจด้วย จงทำให้ดอกไม้แห่งจิตใจของทุกคนผลิบานให้ได้" แต่สึโบมิปฏิเสธไปเพราะไม่คิดว่าตัวเองจะทำได้แต่แล้วก็มีศัตรูปรากฏตัวขึ้นช่วงชิง "ดอกไม้แห่งจิตใจ" ของเพื่อนร่วมชั้นคนใหม่ คุรุมิ เอริกะ เพื่อปกป้องดอกไม้แห่งจิตใจของเอริกะ เธอจึงต้องเป็นพริตตี้เคียวเพื่อต่อสู้เท่านั้น