ฮิปโปโปเตมัสถูกจำแนกออกเป็นชนิดย่อยต่าง ๆ ได้ตามลักษณะทางสัณฐาน[8]

• H. a. amphibius – พบกระจายพันธุ์ตั้งแต่อียิปต์ ปัจจุบันกำลังมีสถานะใกล้สูญพันธุ์ พบตั้งแต่ตอนใต้ของแม่น้ำไนล์ถึงแทนซาเนีย และโมซัมบิก
• H. a. kiboko – พบในเคนยาในภูมิภาคเกรตเลกส์ และโซมาเลียในจะงอยแอฟริกา มีกระดูกจมูกกลวงและกว้างกว่าฮิปโปโปเตมัสชนิดอื่น ๆ
• H. a. capensis – พบในแซมเบียจนถึงแอฟริกาใต้ เป็นชนิดที่มีกะโหลกแบนที่สุด
• H. a. tschadensis – พบกระจายพันธุ์ตลอดในแอฟริกาตะวันตกและชาด มีส่วนใบหน้าสั้นที่สุดและกว้าง มีพฤติกรรมความเป็นอยู่แตกต่างจากชนิดอื่น
• H. a. constrictus – พบในแองโกลา, ตอนใต้ของสาธารณรัฐประชาธิปไตยคองโก และนามิเบีย