การต่อสู้ระหว่างฝ่ายเจ้าหน้าที่รัฐกับพรรคคอมิวนิสต์สิ้นสุดลง เมื่อรัฐบาลไทยปรับเปลี่ยนท่าทีความสัมพันธ์ใหม่กับประเทศสาธารณรัฐประชาชนจีน และคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรีที่ 66/2523 ในสมัยนายกรัฐมนตรีพลเอก เปรม ติณสูลานนท์ ส่งผลให้นักศึกษาจำนวนมากออกจากป่า กลับมาเรียนและประกอบอาชีพเป็นปกติในสังคมอีกครั้ง ฝ่ายเกษียร หลังออกจากป่าเกษียรก็ได้กลับมาเรียนที่คณะเดิม (รัฐศาสตร์) อีกครั้งในปี พ.ศ. 2524

เกษียรกลับมาเรียนปริญญาตรีจนสำเร็จการศึกษาด้วยเกียรตินิยมอันดับหนึ่งและเป็นอาจารย์ ต่อมาได้ทุนไปเรียนต่อปริญญาโทและเอก ที่มหาวิทยาลัยคอร์เนลกับศาสตราจารย์ เบเนดิก แอนเดอร์สัน ศาสตราจารย์กิตติคุณมหาวิทยาลัยคอร์แนล ทำวิทยานิพนธ์เกี่ยวกับคอมมิวนิสต์ ชื่อ Commodifying Marxism: The Formation of Modern Thai Radical Culture, 1927-1958" และกลับมาเป็นนักวิชาการประจำคณะรัฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์

เนื่องจากเกษียรเป็น อดีตกรรมการสภานักศึกษา มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ พ.ศ. 2519 (สังกัดพรรคพลังธรรม) เข้าป่าหลังเหตุการณ์ 6 ตุลา เขาเป็นนักศึกษาธรรมศาสตร์รุ่นใกล้เคียงกับ ธงชัย วินิจจะกูล สมศักดิ์ เจียมธีรสกุล วิโรจน์ ตั้งวาณิชย์ พิชิต ลิขิตกิจสมบูรณ์ (นักศึกษารุ่น 6 ตุลา )

เกษียร จึงนับเป็นหนึ่งในนักวิชาการที่มีฐานความคิดมาจากฝ่ายซ้าย เข้าร่วมกิจกรรมทางการเมืองตอนเป็นนักศึกษาต่อสู้เรียกร้องให้เปลี่ยนแปลงสภาพการเอารัดเอาเปรียบทางสังคมที่สะสมมาอย่างยาวนานภายใต้ระบอบเผด็จการถนอม ประภาส ต่อมาหลังเหตุการณ์ 6 ตุลา ได้จับอาวุธเข้าร่วมกับพรรคคอมมิวนิสต์แห่งประเทศไทย แต่ชีวิตผกผันสุดท้ายได้กลายมาเป็นอาจารย์มหาวิทยาลัยเดินทางตามสายพานทุนนิยมเหมือนกับเพื่อนร่วมรุ่น (6 ตุลา) อีกหลายคน[ต้องการอ้างอิง]

ครั้งหนึ่งอาจารย์เบเนดิก แอนเดอร์สัน (หรือครูเบ็น) เคยทักทายเกษียรเมื่อตอนมาสัมมนาวิชาการที่ธรรมศาสตร์ว่า “อ้าวคาเสี้ยนเดี๋ยวนี้เอาความรู้ไปรับใช้กระฎุมพีแล้วนะ ฮ่าๆ "