นักสำรวจชาวสเปน เบร์นาร์โดเดลาตอร์เรเป็นชาวยุโรปคนแรกที่ค้นพบเกาะชิจิจิมะใน ค.ศ. 1549[4] อย่างไรก็ตามการขุดค้นทางโบราณคดีบนเกาะปรากฎหลักฐานว่าเคยมีชาวเมลานีเซียอาศัยอยู่บนเกาะ และรัฐบาลเอโดะเองได้ส่งบุคคลไปสำรวจเมื่อ ค.ศ. 1675 ถึงกระนั้นเกาะนี้ก็ไร้ผู้อยุ่อาศัยถึงเดือนพฤษภาคม ค.ศ .1830

ฐานทัพเรือขนาดเล็กได้รับการจัดตั้งขึ้นที่ชิจิจิมะใน พ.ศ. 2457 และเป็นที่ตั้งหลักของสถานีวิทยุระยะไกลของญี่ปุ่นในช่วงสงครามโลกครั้งที่สองรวมทั้งเป็นฐานกลางในการจัดหาและการสื่อสารระหว่างญี่ปุ่นและหมู่เกาะโองาซาวาระ[5]

หลังสิ้นสุดสงครามโลกครั้งที่สอง ผู้บัญชาการทหารสูงสุดของฝ่ายสัมพันธมิตรอนุญาตให้ชาวเกาะเพียง 129 คนกลับไปที่ชิจิจิมะ แผ่นดินไหวครั้งใหญ่ในชิลี พ.ศ. 2503 และสึนามิได้ทำลายอาคารและสิ่งก่อสร้างต่าง ๆ บนเกาะ