เกาะเกร็ดเป็นย่านชุมชนที่มีความเจริญมาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย เป็นทั้งชุมชนค้าขายและเป็นที่ตั้งด่านตรวจเรือต่าง ๆ ที่จะเดินทางผ่านไปยังอยุธยา เมื่อถึงรัชกาลสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวท้ายสระ จึงพิจารณาเห็นถึงความจำเป็นที่จะต้องขุดคลองลัดตามลำน้ำเจ้าพระยาเพิ่มเติม เพื่อลดระยะทางย่นระยะเวลาในการคมนาคมขนส่งทางน้ำ และแก้ปัญหาที่ทำให้การเดินเรือสำเภาชักช้าและเกิดเหตุขัดข้อง รวมถึงเป็นการพัฒนาเศรษฐกิจของอยุธยาในสมัยนั้น จึงทรงมีพระราชดำริให้ขุดคลองลัดแม่น้ำเจ้าพระยาขึ้นบริเวณที่มีแม่น้ำเจ้าพระยาไหลโค้งอ้อมไปทางทิศตะวันตก แล้วไหลวกกลับมาทางทิศตะวันออก ในปี พ.ศ. 2265 ดังปรากฏในพระราชพงศาวดารฉบับพระราชหัตถเลขาตอนหนึ่งว่า ในปีขาล จัตวาศกนั้น ทรงพระกรุณาโปรดให้พระธนบุรีเป็นแม่กองเกณฑ์ไพร่พล คนหัวเมืองปากใต้ให้ได้คนหมื่นเศษให้ขุดคลองเกร็ดน้อยลัดคุ้งบางบัวทองนั้นอ้อมนัก ขุดลัดให้ตรง พระธนบุรีรับคำสั่งแล้วถวายบังคมลามาเกณฑ์ไพร่พลบรรดาหัวเมืองปากใต้ได้คนหมื่นเศษ ให้ขุดคลองเกร็ดน้อยลึก 6 ศอก กว้าง 6 วา ทางไกลได้ 29 เส้นเศษ(1 เส้น 80 เมตรหรือ 40 วา) ขุดเดือนเศษจึงแล้ว พระธนบุรีนั้นจึงกลับมากราบทูลให้ทราบทุกประการ เมื่อทำการขุดคลองลัดแม่น้ำเจ้าพระยาได้แล้ว ทำให้เกิดการเดินเรือลัดได้เร็วขึ้น เรียกคลองในสมัยนั้นว่า คลองลัดเกร็ดน้อย ต่อมานิยมเรียกว่า คลองลัดเกร็ด ต้นคลองหรือปากคลองเรียกว่า ปากเกร็ด

ต่อมาคลองลัดเกร็ดได้ถูกความแรงของกระแสน้ำเซาะตลิ่งพัง จนกว้างมากขึ้นเรื่อยๆ กลายเป็นแม่น้ำไป ที่ดินบริเวณที่เป็นแหลมยื่นออกไปจึงมีลักษณะเป็น เกาะ เรียกกันว่า เกาะเกร็ด ในสมัยโบราณเรียกเกาะเกร็ดที่เป็นเกาะที่มีขนาดเล็กนี้ว่า เกร็ดน้อย (ที่เชียงราก จังหวัดปทุมธานี เรียกว่า เกร็ดใหญ่ เพราะมีการขุดคลองลัดแล้วกลายเป็นเกาะที่มีขนาดใหญ่กว่าเกาะเกร็ด) อาจเป็นไปได้ว่าคนสมัยโบราณนิยมเรียกเกาะที่เกิดจากการกระทำของมนุษย์ว่า เกร็ด

ในสมัยสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ตรงกับ พ.ศ. 2317 ได้โปรดเกล้าให้ข้าหลวงไปรับครอบครัวชาวมอญมาตั้งบ้านเรือนอยู่ในท้องที่ปากเกร็ด (รวมทั้งในเกาะเกร็ด) และสามโคก จังหวัดปทุมธานี เนื่องจากมอญแพ้สงครามกับพม่า บางส่วนจึงอพยพครอบครัวมาพึ่งพระบรมโพธิสมภาร สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชทรงเลือกพื้นที่ช่วงเกาะเกร็ดและปากเกร็ดเป็นสถานที่ประกอบพระราชพิธีอัญเชิญพระแก้วมรกตและพระบาง ที่สมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกอัญเชิญมาจากเวียงจันทน์ โดยทรงพระกรุณโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระเจ้าลูกยาเธอเจ้าฟ้ากรมขุนอินทรพิทักษ์เสด็จล่วงหน้าขึ้นไปในวันแรม 4 ค่ำ เดือน 3 ครั้นถึงวันขึ้น 4 ค่ำ เดือน 4 จึงเสด็จไปรับที่พระตำหนักบางธรณีด้วยพระองค์เอง สำหรับพระราชพิธีอัญเชิญพระแก้วมรกตและพระบางครั้งนี้นับเป็นพระราชพิธีอันยิ่งใหญ่ที่ใช้บริเวณริมแม่น้ำเจ้าพระยาในท้องที่ปากเกร็ดและเกาะเกร็ด มีการจัดกระบวนเรือเสด็จพระราชดำเนินทางชลมารค และกระบวนเรืออัญเชิญพระแก้วมรกตและพระบางที่ยิ่งใหญ่

ปี พ.ศ. 2358 ตรงกับสมัยรัชกาลที่ 2 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ สมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยได้โปรดเกล้าให้เจ้าฟ้ามงกุฎ (รัชกาลที่ 4) ไปรับครอบครัวชาวมอญ ซึ่งหนีภัยสงครามมาจากพม่ามาอาศัยอยู่ที่ด่านเจดีย์สามองค์ เมืองกาญจนบุรี และได้โปรดเกล้าฯ ให้พระยาอภัยภูธร สมุหนายก ไปรับครอบครัวชาวมอญเหล่านั้นมาอยู่ที่เมืองนนทบุรีบ้าง ปทุมธานีบ้าง เมืองเขื่อนขันธ์ (พระประแดง) บ้าง ดังนั้นจึงมีชาวมอญอาศัยอยู่ในเกาะเกร็ดและหลายท้องที่หลายตำบลในอำเภอปากเกร็ด เนื่องจากมีชาวมอญอพยพเข้ามา 2 ครั้ง คือ ในสมัยสมเด็จพระเจ้าตากสินปี พ.ศ. 2317 และสมัยรัตน์โกสินทร์ปี พ.ศ. 2358

ในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ก็มักจะเสด็จพระราชดำเนินแปรพระราชฐานยังพระราชวังบางปะอินเสมอ กล่าวกันว่าทรงแวะพักเรือพระที่นั่งตามวัดต่าง ๆ บริเวณปากเกร็ดและเกาะเกร็ดนี้ทุกวัด และพระองค์ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้บูรณปฏิสังขรณ์วัดปากอ่าว (วัดปรมัยยิกาวาส) เพื่อถวายเป็นพระราชกุศลร่วมกับพระเจ้าบรมมไหยิกาเธอ กรมเสด็จพระสุดารัตนราชประยูร และพระบรมวงศานุวงศ์ผู้ใหญ่ที่ทรงอภิบาลทำนุบำรุงสมเด็จพระเทพศิรินทรพระบรมราชชนนีและพระองค์มาตั้งแต่ครั้นทรงพระเยาว์ ต่อมาเมื่อมีการยกฐานะปากเกร็ดเป็นชื่อของอำเภอ เกาะเกร็ดจึงได้ยกฐานะเป็นตำบลเกาะเกร็ดด้วยจนถึงปัจจุบัน

สมัยเปลี่ยนแปลงการปกครอง ช่วงหลังจากพ.ศ. 2475 และช่วงหลังสงครามโลกครั้งที่ 2 หมู่บ้านในตำบลย่านเกาะเกร็ดและปากเกร็ดริมแม่น้ำเจ้าพระยา กลายเป็นแหล่งหลบซ่อนตัวเพื่อเตรียมรับสภาวะวิกฤตในกรุงเทพมหานคร มีนักการเมืองและข้าราชการชั้นผู้ใหญ่หลายท่านได้มาสร้างบ้านสำรองไว้ยามฉุกเฉิน ซึ่งต่อมาทางราชการได้เข้ายึดบ้านดังกล่าว