ผักและผลไม้ เป็นสินค้าเกษตรที่ได้รับผลกระทบด้านบวกและลบจากเอฟทีเอค่อนข้างชัดเจนโดยเฉพาะไทย-จีน เพราะจีนมีความได้เปรียบในการผลิตผักผลไม้กว่าไทยมาก และยังเป็นผู้ส่งออกผักและผลไม้รายใหญ่ในอันดับต้นๆของโลก หลังจากไทยได้ตกลงลดภาษีในสินค้าผักและผลไม้กับจีนในปี 2546 พบว่าการส่งออกสินค้าเกษตรกระจุกตัวอยู่ในกลุ่มผักและผลไม้มากขึ้นกว่าในอดีต ในปี 2547 พบว่า ก่อนและหลังมีเอฟทีเอ การส่งออกผักขยายตัว 79% และผลไม้ 41% สาเหตุหลักเนื่องมาจากการขยายตัวอย่างมากของการส่งออกผักในกลุ่มมันสำปะหลัง และการส่งออกเพิ่มขึ้นในผลไม้เมืองร้อนจำพวก ลำไยสด ทุเรียนสด และมังคุด ขณะเดียวกัน การนำเข้าผักขยายตัวเพิ่มขึ้น 147% และการนำเข้าผลไม้ขยายตัว 142% โดยสินค้าที่มีสัดส่วนการนำเข้าสูง ได้แก่ กระเทียม เห็ดแห้ง แครอท และผลไม้เมืองหนาว เช่น แอปเปิ้ล ลูกแพร์ และควินซ์