การบริหารราชการของประเทศญี่ปุ่นโดยพื้นฐานแบ่งออกเป็นสามระดับ ได้แก่ ระดับชาติ ระดับจังหวัด และระดับเทศบาล ภายใต้การปกครองระดับชาติประกอบไปด้วยเขตการปกครองระดับจังหวัดจำนวน 47 แห่ง โดยมี 6 จังหวัดที่แบ่งออกเป็นกิ่งจังหวัดเพื่อประโยชน์ในการบริหารพื้นที่ขนาดใหญ่และหมู่เกาะที่ห่างไกล ส่วนระดับเทศบาล (นคร เมือง และหมู่บ้าน) เป็นการปกครองระดับล่างสุด นครที่มีประชากรมากที่สุด 20 อันดับแรกที่อยู่นอกมหานครโตเกียว เรียกว่า นครที่แต่งตั้งโดยข้อบัญญัติรัฐบาล ซึ่งจะแบ่งการปกครองย่อยออกเป็นแขวง