ชื่อของเขตนั้นนำมาจากชื่อของ คลองภาษีเจริญ ที่ขุดขึ้นเชื่อมแม่น้ำท่าจีน (ที่ตำบลดอนไก่ดี อำเภอกระทุ่มแบน แขวงเมืองสมุทรสาคร) กับคลองบางกอกใหญ่ เพื่อเป็นการสัญจรทางน้ำ ซึ่งเน้นการส่งอ้อยและน้ำตาลจากต่างจังหวัดเข้าสู่เมืองหลวง โดยเริ่มขุดตั้งแต่ปี พ.ศ. 2401 เสร็จสมบูรณ์ในปี พ.ศ. 2415 และชื่อคลองตั้งตามชื่อพระภาษีสมบัติบริบูรณ์ (ต่อมาเป็น พระยาพิสณฑ์สมบัติบริบูรณ์ ต้นสกุลพิศลยบุตร และบรรพบุรุษของราชสกุลกิติยากร) ผู้เป็นแม่กองดูแลงานขุดคลองนี้