เขตมีนบุรีตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกของแม่น้ำเจ้าพระยา (ฝั่งพระนคร) มีอาณาเขตติดต่อกับเขตต่าง ๆ เรียงตามเข็มนาฬิกา ดังนี้

• ทิศเหนือ ติดต่อกับเขตคลองสามวา มีคลองพระยาสุเรนทร์ 1 (กีบหมู) ลำรางคูคต ซอยหทัยราษฎร์ 29 (โชคอนันต์) ถนนหทัยราษฎร์ ลำรางโต๊ะสุข คลองเจ๊ก ลำรางสามวา คลองสามวา ซอยนิมิตใหม่ 5 (เหมือนสวาท) ถนนนิมิตใหม่ ซอยนิมิตใหม่ 8 (วีแสงชัย) คลองลำบึงไผ่ และคลองแสนแสบเป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศตะวันออก ติดต่อกับเขตหนองจอก มีลำรางข้างซอยราษฎร์อุทิศ 70 คลองแยกคลองลำหินฝั่งใต้ คลองลำหินฝั่งใต้ คลองลำต้นไทร และคลองลำนกแขวกเป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศใต้ ติดต่อกับเขตลาดกระบัง มีคลองบึงใหญ่ ลำรางตาทรัพย์ แนวคันนาผ่านถนนคุ้มเกล้า คลองตาเสือ ลำรางศาลเจ้า ลำรางคอวัง คลองสองต้นนุ่น และคลองลำนายโสเป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศตะวันตก ติดต่อกับเขตสะพานสูงและเขตคันนายาว มีคลองลาดบัวขาว คลองแสนแสบ และคลองบางชันเป็นเส้นแบ่งเขต