เขตมีนบุรีในอดีตเป็นท้องที่หนึ่งของ อำเภอคลองสามวา ซึ่งเป็นอำเภอหนึ่งทางทิศตะวันออกของมณฑลกรุงเทพ ต่อมาใน พ.ศ. 2445 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าฯ ให้รวมท้องที่อำเภอคลองสามวากับอำเภอข้างเคียงอีก 3 อำเภอตั้งขึ้นเป็นเมืองใหม่และพระราชทานนามว่า "เมืองมีนบุรี"[4] อำเภอคลองสามวาจึงเปลี่ยนชื่อเป็น อำเภอเมือง[3] เนื่องจากเป็นที่ตั้งของเมือง (จังหวัด) แห่งนี้

ต่อมาใน พ.ศ. 2474 จังหวัดมีนบุรีถูกยุบรวมเข้ากับจังหวัดพระนคร เพื่อประหยัดงบประมาณราชการ[5] เนื่องจากปัญหาเศรษฐกิจตกต่ำหลังสงครามโลกครั้งที่ 1 อำเภอที่เป็นที่ตั้งของจังหวัดมีนบุรีเดิมจึงมีชื่อเรียกว่า อำเภอมีนบุรี จากนั้นกระทรวงมหาดไทยได้ตั้งสุขาภิบาลมีนบุรีขึ้นใน พ.ศ. 2498[6] ประกาศตั้งตำบลทรายกองดินใต้ แยกจากตำบลทรายกองดินใน พ.ศ. 2505[7] และขยายเขตสุขาภิบาลมีนบุรีให้ครอบคลุมทั้งอำเภอด้วย[8] ในปีถัดมา

อำเภอมีนบุรีได้เปลี่ยนแปลงฐานะเป็น เขตมีนบุรี หลังจากการรวมจังหวัดพระนครกับจังหวัดธนบุรีเข้าด้วยกันเป็นนครหลวงกรุงเทพธนบุรีและเปลี่ยนแปลงฐานะเป็นกรุงเทพมหานครเมื่อ พ.ศ. 2515 แบ่งเขตการปกครองย่อยเป็นแขวง รวม 7 แขวง และในที่สุดเมื่อ พ.ศ. 2540 ได้มีประกาศกระทรวงมหาดไทยเปลี่ยนแปลงพื้นที่เขตมีนบุรี แยก 5 แขวงทางด้านเหนือของเขต ไปจัดตั้งเป็นเขตคลองสามวา[9] ทำให้เขตมีนบุรีเหลือพื้นที่ปกครองอยู่ 60 ตารางกิโลเมตรเศษ ใหญ่เป็นอันดับที่ 5 ของกรุงเทพมหานคร