เขตสงวนแห่งชาติตัมโบปาตาตั้งอยู่ทางใต้ของแม่น้ำมาเดร เด ดีโอส ในจังหวัดตัมโบปาตา แคว้นมาเดรเดดีโอส[2] ติดกับพรมแดนประเทศโบลิเวียทางทิศตะวันออกและติดกับอุทยานแห่งชาติบาอัวฆา โซเนเน ทางทิศใต้[2]

พื้นที่ประกอบด้วยเนินป่าและที่ราบโดยมีระดับความสูงตั้งแต่ 200 ถึง 400 เมตรจากระดับน้ำทะเล[3] พื้นที่มีหนองน้ำทะเลสาบรูปแอกวัวและแม่น้ำที่คดเคี้ยว แม่น้ำสายหลักในเขตสงวน ได้แก่ แม่น้ำตัมโบปาตา, แม่น้ำมาลิโนว์ซกิ (Malinowski) และแม่น้ำเอแอต (Heath)[3]