เขตหนองจอกตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกสุดของกรุงเทพมหานคร มีอาณาเขตติดต่อกับเขตการปกครองข้างเคียง เรียงตามเข็มนาฬิกา ดังนี้

• ทิศเหนือ ติดต่อกับอำเภอลำลูกกา (จังหวัดปทุมธานี) มีแนวเส้นตรงจากคลองเก้าไปบรรจบคลองสิบสี่เป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศตะวันออก ติดต่อกับอำเภอบางน้ำเปรี้ยวและอำเภอเมืองฉะเชิงเทรา (จังหวัดฉะเชิงเทรา) มีคลองสิบสี่ แนวแบ่งเขตการปกครองระหว่างกรุงเทพมหานครกับจังหวัดฉะเชิงเทรา คลองแสนแสบ คลองบึงทองหลาง (บุน้ำรักษ์) คลองนครเนื่องเขต และคลองหลวงแพ่งเป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศใต้ ติดต่อกับเขตลาดกระบัง มีคลองลำตาแฝง คลองลำตาอิน คลองกระทุ่มล้ม คลองลำพะอง คลองลำมะขาม และคลองลำกอไผ่เป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศตะวันตก ติดต่อกับเขตมีนบุรีและเขตคลองสามวา มีคลองลำนกแขวก คลองลำต้นไทร คลองลำหินฝั่งใต้ คลองแยกคลองลำหินฝั่งใต้ ลำรางข้างซอยราษฎร์อุทิศ 70 คลองแสนแสบ คลองลัดตาเตี้ย คลองแบนชะโด และคลองเก้าเป็นเส้นแบ่งเขต