เดิมเขตหนองจอกมีฐานะเป็น อำเภอหนองจอก ได้รับการจัดตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2440[3] ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว กลุ่มผู้ที่มาตั้งถิ่นฐานพวกแรก ๆ เป็นชาวไทยมุสลิมที่อพยพมาจากหัวเมืองภาคใต้ โดยตั้งชุมชนตามแนวคลองแสนแสบซึ่งได้มีการขุดลอกขยายคลองในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว[3] รวมทั้งชาวมอญ จีน ลาว เขมร และอีก 5 ปีต่อมา (พ.ศ. 2445) อำเภอหนองจอกก็ได้มาขึ้นอยู่กับเมืองมีนบุรีซึ่งเป็นหัวเมืองที่ตั้งขึ้นใหม่ในมณฑลกรุงเทพ[4]

ต่อมา เกิดสภาวะวิกฤตเศรษฐกิจในช่วงหลังสงครามโลกครั้งที่ 1 เพื่อเป็นการประหยัดงบประมาณของทางราชการ ใน พ.ศ. 2474 จังหวัดมีนบุรีจึงถูกยุบรวมเป็นส่วนหนึ่งของจังหวัดพระนคร ส่วนอำเภอหนองจอกถูกโอนไปขึ้นกับจังหวัดฉะเชิงเทรา[5] แต่เนื่องจากความไม่สะดวกในการเดินทางและการติดต่อระหว่างกัน ในปีถัดมา (พ.ศ. 2475) ทางราชการจึงได้ย้ายอำเภอหนองจอกมาเป็นเขตการปกครองในจังหวัดพระนคร[6]

จนกระทั่งใน พ.ศ. 2514 มีประกาศคณะปฏิวัติให้รวมจังหวัดพระนครกับจังหวัดธนบุรีเข้าด้วยกันเป็นนครหลวงกรุงเทพธนบุรี[7] และในปีถัดมา (พ.ศ. 2515) ก็มีประกาศคณะปฏิวัติเปลี่ยนรูปแบบการบริหารเมืองหลวงใหม่อีกครั้งจากนครหลวงกรุงเทพธนบุรีเป็นกรุงเทพมหานคร แบ่งพื้นที่ออกเป็นเขตและแขวงแทนอำเภอและตำบล[7] อำเภอหนองจอกจึงได้รับการเปลี่ยนแปลงฐานะเป็น เขตหนองจอก นับแต่นั้น