บริเวณแขวงหนองแขมในอดีตมีสภาพเป็นที่ราบลุ่ม บางแห่งมีน้ำท่วมขังตลอด (หนองน้ำ) และมีต้นแขม (หญ้าขนาดสูงชนิดหนึ่ง) ขึ้นอยู่หนาแน่นเป็นพง ก่อนหน้านั้นเคยมีชื่อเรียกว่า "หนองน้ำแดง" แต่ถูกลืมไปแล้ว[3] จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2413 พระวินัยธร (คำ) เจ้าอาวาสวัดเชิงเลน ตำบลบางช้าง อำเภอสามพราน เมืองนครปฐม ได้สร้างวัดขึ้นที่ริมหนองน้ำแห่งหนึ่งและตั้งชื่อวัดว่า "วัดหนองแขม"[4] ตามลักษณะของพื้นที่ ส่วนชาวบ้านก็ได้ขุดบ่อไว้ริมหนองเพื่ออาศัยใช้น้ำจืดและเรียกว่า "บ่อหนองแขม"[4]