การแข่งขันเคมีโอลิมปิกระหว่างประะเทศเริ่มต้นขึ้นครั้งแรกในเชโกสโลวาเกียเมื่อปี ค.ศ. 1968 โดยมีเป้าหมายให้มีจำนวนประเทศที่เข้าร่วมการแข่งขันมากขึ้นจนกระทั่งและเปลี่ยนเป็นการแข่งขันระหว่างประเทศในที่สุด โดยแรกเริ่มเชกโกวาเกียได้ส่งคำเชิญไปยังประเทศที่มีระบอบการปกครองแบบสังคมนิยม ยกเว้นโรมาเนีย แต่ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1968 ความสัมพันธ์ทางการเมืองระหว่างเชโกสโลวาเกียกับสหภาพโซเวียตย่ำแย่ลง ทำให้มีเพียงโปแลนด์และฮังการีเท่านั้นที่ตอบรับและเข้าร่วมในการแข่งขันครั้งแรก

การแข่งขันครั้งแรก จัดขึ้น ณ กรุงปราก ระหว่างวันที่ 18-21 มิถุนายน ค.ศ. 1968 มีจำนวนประเทศที่เข้าร่วมการแข่งขันทั้งหมด 3 ประเทศ โดยมีตัวแทนประเทศละ 6 คน มีข้อสอบภาคทฤษฎี (Theoretical Problems) 4 ข้อ ในการแข่งขันครั้งนั้น ได้เริ่มมีข้อเสนอแนะเกี่ยวกับการแข่งขันครั้งถัดไป ซึ่งการแข่งขันเคมีโอลิมปิก ครั้งที่ 2 จัดขึ้นในโปแลนด์ ครั้งนั้นบัลแกเรียได้ส่งตัวแทนเข้าร่วมการแข่งขันด้วย แต่จำนวนผู้เข้าแข่งขันได้ลดลงเหลือประเทศละ 5 คน และเริ่มมีการนำข้อสอบภาคปฏิบัติการ (Practical Problems) มาใช้ในการแข่งขันเป็นครั้งแรก ครั้งนั้น มีการเสนอให้ลดจำนวนตัวแทนประเทศลงเหลือประเทศละ 4 คน โดยการแข่งขันเคมีโอลิมปิกระหว่างประเทศ ครั้งที่ 3 จัดขั้นในประเทศฮังการี[1]