พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สร้างพระราชลัญจกรประจำเครื่องขัตติยราชอิสริยาภรณ์อันมีเกียรติคุณรุ่งเรืองยิ่งมหาจักรีบรมราชวงศ์ขึ้นสำหรับประทับข้อพระราชบัญญัติ คำประกาศ ตราตั้งคำสั่ง และหนังสือสำคัญต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับเครื่องขัตติยราชอิสริยาภรณ์อันมีเกียรติคุณรุ่งเรืองยิ่งมหาจักรีบรมราชวงศ์[1] โดยมีลักษณะดังนี้

พระราชลัญจกรเป็นตรางารูปกลม ขนาดเส้นผ่านศูนย์กลาง 7.7 เซนติเมตร สูง 11.3 เซนติเมตร ลายภายในเป็นรูปจักรและตรีไขว้กัน ตรงกลางจักรบริเวณด้านซ้ายของตรีนั้น เป็นรูปประทุมอุณาโลมมีรัศมี (พระราชลัญจกรประจำรัชกาลที่ 1) ส่วนด้านขวานั้น ประกอบด้วย รูปครุฑ (พระราชลัญจกรประจำรัชกาลที่ 2) , ปราสาท (พระราชลัญจกรประจำรัชกาลที่ 3) มหามงกุฎ (พระราชลัญจกรประจำรัชกาลที่ 4) และจุลมงกุฎ (พระราชลัญจกรประจำรัชกาลที่ 5)

บริเวณขอบจักรนั้นมีอักษรเป็นคาถาภาษิตสำหรับเครื่องราชอิสริยาภรณ์ คือ "ติรตเนสกรฏฺเฐจ สมฺพํเสจมมายนํ สกราโชชุจิตฺตญฺจ สกรฏฺฐาภิวัฑฺฒนํ" ซึ่งแปลว่า "ความนับถือรักใคร่ในพระรัตนตรัยก็ดี ในรัฐของตนก็ดี ในวงศ์ตระกูลของตนก็ดี มีจิตซื่อตรงในพระราชาของตนก็ดี ย่อมเป็นเครื่องทำให้รัฐของตนเจริญยิ่ง"[6] ส่วนขอบรอบดวงตรานั้นจารึกว่า "พระราชลัญจกร สำหรับเครื่องขัตติยราชอิสริยยศ อันมีเกียรติคุณรุ่งเรืองยิ่ง ตรามหาจักรีบรมราชวงษ"

ในปัจจุบัน พระราชลัญจกรนี้พ้นสมัย และเก็บรักษาอยู่ที่กองประกาศิต สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี ส่วนการประทับพระราชลัญจกรลงในใบประกาศนียบัตรสำหรับผู้ได้รับพระราชทานเครื่องราชอิสริยาภรณ์นี้ จะประทับพระราชลัญจกรพระครุฑพ่าห์กำกับพระปรมาภิไธยแทน[10]