พระราชลัญจกรประจำเครื่องราชอิสริยาภรณ์อันเป็นโบราณมงคลนพรัตนราชวราภรณ์ ลักษณะเป็นตรางารูปกลม ขนาดเส้นผ่านศูนย์กลาง 7.3 เซนติเมตร สูง 10.1 เซนติเมตร ลายภายในเป็นรูปพระสังวาลนพรัตนราชวราภรณ์ อยู่ภายในวงกลม เบื้องบนมีดารานพรัตน์ เบื้องล่างมีสายสะพายนพรัตน ที่วงขอบมีอักษรว่า "พระราชลัญจกร นพรัตน์ราชวราภรณ์ สำหรับเครื่องราชอิศริยาภรณ์ อันเป็นโบราณราชมงคล" พระราชลัญจกรประจำเครื่องราชอิสริยาภรณ์นี้ ใช้สำหรับประทับประกาศนียบัตรกำกับเครื่องราชอิสริยาภรณ์นพรัตนราชวราภรณ์ ปัจจุบัน พระราชลัญจกรนี้พ้นสมัย และเก็บรักษาอยู่ที่กองประกาศิต สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี ส่วนการประทับพระราชลัญจกรลงในใบประกาศนียบัตรสำหรับผู้ได้รับพระราชทานเครื่องราชอิสริยาภรณ์นี้ จะประทับพระราชลัญจกรพระครุฑพ่าห์กำกับพระปรมาภิไธยแทน[9]