เครื่องราชอิสริยาภรณ์อันเป็นโบราณมงคลนพรัตนราชวราภรณ์นั้นมีความเป็นมาสืบเนื่องมาแต่สมัยกรุงศรีอยุธยา ไม่ทราบว่าใครเป็นผู้สร้างและตั้งเครื่องราชอิสริยาภรณ์นี้ โดยมีลักษณะเป็นสายสร้อยพระสังวาลย์ประดับเนาวรัตน์ ใช้เป็นเครื่องสำหรับพิชัยสงครามและสำหรับพระมหากษัตริย์ทรงเมื่อพระราชพิธีบรมราชาภิเษก เมื่อพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชได้ปราบดาภิเษกขึ้นเป็นปฐมกษัตริย์แห่งราชวงศ์จักรี ก็ทรงได้รับเครื่องราชอิสริยาภรณ์นี้มา และทรงสร้าง "พระสังวาลย์นพรัตน์ราชวราภรณ์" ขึ้นใหม่ เป็นสังวาลย์แฝดประดับเนาวรัตน์ ประกอบด้วย เพชร ทับทิม มรกต บุษราคัม โกเมน นิล มุกดา เพทาย ไพฑูรย์ มีลักษณะเป็นดอก ๆ วางสลับกันตลอดสาย[1]

ต่อมา พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระบรมราชกระแสว่า ตามธรรมเนียมเดิมของสยามนั้น จะมี "แหวนนพเก้า" สำหรับพระเจ้าแผ่นดินทรงและพระราชทานแก่เสนาบดี ซึ่งโดยปกติจะสอดไว้ในประคดที่คาดกับเอว และเมื่อมีงานพิธีที่เป็นมงคลก็จะนำมาสวมที่นิ้วชี้ทางขวาเพื่อประกอบกิจในงานมงคลนั้น ๆ เช่น เจิมให้แก่คู่บ่าวสาว วางศิลาฤกษ์ เป็นต้น และเมื่อพระองค์เสด็จขึ้นครองราชสมบัติก็ได้พระราชทานแหวนดังกล่าวแก่พระบรมวงศานุวงศ์และเสนาบดีผู้ใหญ่รวม 20 วง รวมทั้ง ทรงสร้าง "ดวงตรานพรัตน์ดารา" เป็นดอกประจำยามประดับพลอยทั้ง 9 อย่าง ประดับบริเวณหน้าเสื้อ เพื่อพระราชทานแก่พระบรมวงศานุวงศ์[1]

ครั้นถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พระองค์ทรงพระราชดำริว่า พระบรมวงศานุวงศ์ได้รับดวงตรานพรัตนราชวราภรณ์นั้น ไม่มีสายสังวาล เนื่องจาก สายสังวาลนั้นสำหรับพระมหากษัตริย์ทรงเท่านั้น พระองค์จึงทรงสร้าง "ดวงตรามหานพรัตน์" เป็นดวงตราขนาดเล็กลักษณะเช่นเดียวกับดอกประจำยามใช้สำหรับห้อยกับแพรแถบสีเหลืองขอบเขียวริ้วแดงริ้วน้ำเงิน สำหรับสะพายบ่าจากขวาลงมาซ้ายแทนสังวาล พร้อมทั้ง ตราพระราชบัญญัติเครื่องราชอิสริยาภรณ์อันเป็นโบราณมงคลนพรัตนราชวราภรณ์ขึ้น กำหนดให้มีเครื่องราชอิสริยาภรณ์ตระกูลนี้ 20 สำรับ ตามจำนวนแหวนที่พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าทรงสร้างขึ้น แบ่งเป็น สำหรับพระมหากษัตริย์ 1 สำรับ และพระราชทานแก่พระบรมวงศานุวงศ์อีก 19 สำรับ โดยมีพระมหากษัตริย์เป็นประธานแห่งเครื่องราชอิสริยาภรณ์นี้ และให้มีตำแหน่งมหาสวามิศราธิบดี ซึ่งพระองค์ทรงดำรงตำแหน่งนี้หรือทรงแต่งตั้งพระบรมวงศานุวงศ์ดำรงตำแหน่งนี้ได้ รวมทั้ง พระราชทานแก่พระบรมวงศานุวงศ์ฝ่ายในที่มีพระเกียรติยศใหญ่ โดยไม่นับรวมใน 20 สำรับข้างต้น[1]

เมื่อวันที่ 2 พฤศจิกายน พ.ศ. 2456 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาฯ ให้เพิ่มจำนวนเครื่องราชอิสริยาภรณ์นี้อีก 7 สำรับ รวมเป็น 27 สำรับ เนื่องจากพระองค์ทรงดำริว่า พระสังวาลนพรัตน์ราชวราภรณ์ที่พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชทรงสร้างขึ้นนั้น มีจำนวนเนาวรัตน์ดอกพระสังวาลสลับกัน 27 ดอก จึงสมควรกำหนดจำนวนเครื่องราชอิสริยาภรณ์ให้เท่ากับจำนวนดอกพระสังวาลนั้น[4] ซึ่งนับเป็นจำนวนของเครื่องราชอิสริยาภรณ์อันเป็นโบราณมงคลนพรัตนราชวราภรณ์ที่สืบเนื่องมาจนถึงปัจจุบัน[5]