ในปี พ.ศ. 2112 หลังจากยึดกรุงศรีอยุธยาได้แล้ว พระเจ้าบุเรงนอง มีพระบัญชาให้สร้างพระเจดีย์ขนาดใหญ่ซึ่งอยู่ติดกับ วัดภูเขาทอง เพื่อรำลึกถึงชัยชนะของพระองค์ แต่พระเจดีย์สร้างไม่เสร็จมีเพียงฐานพระเจดีย์ที่สร้างเสร็จ ต่อมาในปี พ.ศ. 2130 สมเด็จพระนเรศวรมหาราช เมื่อครั้งเป็นพระมหาอุปราชโปรดเกล้าให้สร้างพระเจดีย์เพื่อระลึกถึงเหตุการณ์ที่พระองค์นำ อยุธยา ประกาศอิสรภาพจากพม่าในปี พ.ศ. 2127 โดยพระองค์ตัดสินพระทัยสร้างเจดีย์ทรงไทยบนฐานเดิม[2] ในอีก 2 ศตวรรษต่อมา พระเจดีย์ก็ทรุดโทรมลง ซึ่งการบูรณะในสมัย สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ ในสมัยอยุธยาตอนปลาย พระองค์โปรดเกล้า ฯ ให้สร้างพระเจดีย์องค์ใหม่เป็นแบบพระเจดีย์แบบย่อมุม โดยสร้างบนฐานเก่าของพระเจดีย์[3]

วัดที่อยู่ติดกันคือวัดภูเขาทองซึ่งสถาปนาโดย สมเด็จพระราเมศวร กษัตริย์องค์ที่สองของกรุงศรีอยุธยาในปี พ.ศ. 1930 ซึ่งยังคงอยู่จนถึงปัจจุบัน