ความเป็นมาของเจนละค่อนข้างคลุมเครือ เจนละเดิมน่าจะเป็นหนึ่งในศูนย์อำนาจทางภูมิภาคของรัฐฟูนัน โดยมีอำนาจปกครองตนเองในระดับหนึ่ง แล้วแยกตัวออกจากฟูนันในราวปลายคริสต์ศตวรรษที่ 6 ส่วนประเด็นทางภูมิศาสตร์เกี่ยวกับเจนละ เช่น อาณาเขต, การขยายอาณาเขต, ศูนย์กลางทางศาสนา, และศูนย์กลางทางการเมือง รวมถึงประเด็นความเป็นรัฐเดี่ยวหรือเป็นรัฐต่าง ๆ ที่มารวมกลุ่มกันนั้น นักวิชาการยังไม่ลงรอยกัน[18][19]

เอกสารจีนระบุว่า เจนละเป็นรัฐหนึ่งรัฐ แต่ไมเคิล วิกเกอรี นักประวัติศาสตร์ สันนิษฐานว่า จีนน่าจะใช้คำว่า "เจนละ" เรียกรัฐหลาย ๆ รัฐรวมกันเหมือนเป็นรัฐอันหนึ่งอันเดียว เพื่อให้ง่ายต่อการจัดหมวดหมู่ผู้คนที่มีลักษณะบางประการร่วมกัน โดยมิได้สนใจว่า รัฐเหล่านี้แตกต่างกันประการใด[20]

สำหรับการแยกตัวของเจนละจากฟูนันนั้น ตามเอกสารจีนแล้ว ปลายคริสต์ศตวรรษที่ 6 ผู้นำของเจนละ คือ ภววรรมันที่ 1 (ភវវរ្ម័នទី១ ภววรฺมันที ๑) และมเหนทรวรรมัน (មហេន្ទ្រវរ្ម័ន มเหนฺทฺรวรฺมัน) รวมกำลังกันไปตีฟูนัน และพิชิตฟูนันได้สำเร็จ[21][22]

เอกสาร ซินถังชู ของราชวงศ์ถังว่า เมื่อสิ้นรัชศกเฉินหลง (神龍) ของจักรพรรดิจงจง (中宗) แห่งราชวงศ์ถัง ซึ่งตรงกับ ค.ศ. 705–707 นั้น ปรากฏว่า เจนละแตกแยกออกเป็นสองส่วน คือ เจนละบกกับเจนละน้ำ เป็นช่วงเวลาที่มีแต่ความวุ่นวายทางการเมืองเหมือนที่เคยเป็นมาก่อนบรรพกษัตริย์ฟูนันและเจนละจะหลอมรวมแผ่นดินเป็นอันหนึ่งอันเดียว ต่อมาในปลายคริสต์ศตวรรษที่ 8 ราชวงศ์ไศเลนทร์ (Shailendra dynasty) จากเกาะชวามาปล้นและยึดครองเจนละน้ำได้สำเร็จ แต่ไมเคิล วิกเกอรี เห็นว่า การที่จีนแบ่งเจนละออกเป็นเจนละบกกับเจนละน้ำนี้ชวนให้เข้าใจผิด เพราะเดิมทีก็ไม่มีรัฐอันหนึ่งอันเดียวอยู่แล้ว อย่างน้อยก็จนกว่าจะก่อตั้งจักรวรรดิเขมรใน ค.ศ. 802[23]

จำนวนจารึกที่เคยสร้างขึ้นอย่างมากในคริสต์ศตวรรษที่ 7 กลับลดลงอย่างยิ่งในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 8 บ่งบอกว่า เวลานั้น เจนละเสื่อมโทรมลงเต็มทีแล้ว ซึ่งน่าจะเป็นเพราะความขัดแย้งภายใน และปัญหาภายนอกที่มาจากการโจมตีของราชวงศ์ไศเลนทร์ อย่างไรก็ดี ปรากฏว่า ผู้นำท้องถิ่นคนหนึ่ง คือ ชัยวรรมันที่ 2 สามารถก่อตั้งรัฐที่เรียกว่า "จักรวรรดิเขมร" ใน ค.ศ. 802 ทำให้ช่วงเวลาแห่งความวุ่นวายยุติลง