ในวันสุดท้ายที่เจแปนเอเชียแอร์เวย์ดำเนินการ สายการบินนี้มีปลายทางดังนี้[5]

ญี่ปุ่น

• โตเกียว – ท่าอากาศยานนานาชาตินาริตะ
• นาโงยะ – ท่าอากาศยานนานาชาติชูบุเซ็นแทรร์
• โอซากะ – ท่าอากาศยานนานาชาติคันไซ

ไต้หวัน

• เกาสฺยง – ท่าอากาศยานนานาชาติเกาสฺยง
• ไทเป – ท่าอากาศยานนานาชาติไต้หวันเถา-ยฺเหวียน

โดยมีเส้นทางบินดังนี้

• โตเกียว–ไทเป และไทเป–โตเกียว ไป-กลับรวม 8 เที่ยวบิน
• โตเกียว–เกาสฺยง และเกาสฺยง–โตเกียว ไป-กลับรวม 2 เที่ยวบิน
• โอซากะ–ไทเป และไทเป–โอซากะ ไป-กลับรวม 4 เที่ยวบิน
• นาโงยะ–ไทเป และไทเป–นาโงยะ ไป-กลับรวม 2 เที่ยวบิน

เส้นทางทั้งหมดถูกโอนไปให้เจแปนแอร์ไลน์ดำเนินการในวันถัดมา[3][5] ในอดีตเจแปนเอเชียแอร์เวย์เคยให้บริการไปยังฮ่องกงและโอกินาวะด้วย[1]