ในปี พ.ศ. 2517 ญี่ปุ่นและสำนักงานการบินพลเรือนแห่งประเทศจีน (Civil Aviation Administration of China; CAAC) ได้มีข้อตกลงว่าสายการบินที่เดินทางไปยังสาธารณรัฐจีน (ไต้หวัน) ไม่สามารถเดินทางไปยังจีนแผ่นดินใหญ่ได้ เพื่อให้เจแปนแอร์ไลน์ยังคงบินไปยังจีนแผ่นดินใหญ่ได้ เจแปนแอร์ไลน์จึงได้ปิดเส้นทางบินระหว่างญี่ปุ่นและไต้หวันลง ต่อมาในวันที่ 8 สิงหาคม พ.ศ. 2518 เจแปนแอร์ไลน์ได้เปิดสายการบินนี้ขึ้นมาแทนเพื่อดำเนินกิจการในส่วนที่ถูกยกเลิกไป[1] โดยเที่ยวบินแรกเดินทางในวันที่ 15 กันยายน พ.ศ. 2518[2]

หลังจากที่เจแปนแอร์ไลน์แปรรูปเป็นเอกชน ญี่ปุ่นและไต้หวันได้มีข้อตกลงใหม่โดยให้เจแปนแอร์ไลน์สามารถเดินทางไปยังไต้หวันได้ เจแปนเอเชียแอร์เวย์จึงปิดตัวลงในวันที่ 31 มีนาคม พ.ศ. 2551 และกิจการการบินทั้งหมดถูกโอนไปยังเจแปนแอร์ไลน์ โดยเที่ยวบินสุดท้ายของเจแปนเอเชียแอร์เวย์คือเที่ยวบินที่ 284 จากไทเปไปยังนาโงยะ[3]