เจ้าคณะใหญ่อนัมนิกาย คือเจ้าคณะใหญ่ผู้ปฏิบัติหน้าที่ในคณะสงฆ์อนัมนิกายแห่งประเทศไทย เจ้าคณะใหญ่อนัมนิกายรูปปัจจุบันคือพระมหาคณานัมธรรมปัญญาธิวัตร (ถนอม เถี่ยนถึก) ดำรงตำแหน่งตั้งแต่วันที่ 26 ธันวาคม พ.ศ. 2561[2]ตามพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พ.ศ. 2505 และมีกฎกระทรวงออกตามความในพระราชบัญญัติคือ กฎกระทรวงฉบับที่ 3 พ.ศ. 2520 ว่าด้วยการปกครองคณะสงฆ์อื่น จัดให้มีการดำเนินการปกครอง ให้เป็นไปตามพระธรรมวินัย ลัทธินิกาย กฎหมาย และพระบัญชาของสมเด็จพระสังฆราช ดังนี้กฎกระทรวงฯ ได้กำหนดให้เจ้าคณะใหญ่มีอำนาจในการวางระเบียบและออกคำสั่ง โดยไม่ขัดแย้งกับพระธรรมวินัย ลัทธินิกาย กฎหมาย พระบัญชาของสมเด็จพระสังฆราช และระเบียบแบบแผนของทางราชการ เพื่อให้การปกครองเป็นไปด้วยความเรียบร้อย กฎกระทรวงฯ ฉบับที่ 3 พ.ศ. 2520 จึงได้กำหนดให้มีบรรพชิตเป็นผู้ปกครองตามตำแหน่ง โดยลำดับดังนี้คือ