เจ้าจอมมารดาเอม เกิดเมื่อปี พ.ศ. 2382[1][2] บ้างว่าเกิดปี พ.ศ. 2383[3] ในครอบครัวอำมาตย์ เป็นธิดาของหลวงปราณีประชาชน (แมลงทับ นาครทรรพ) ยกกระบัตรกรุงเก่า กับภริยาชื่อเอี่ยม[1][2][3] มีพี่น้องจำนวนหนึ่ง อาทิ หม่อมตาดเล็กในพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงสรรพสาตรศุภกิจ หม่อมสุวรรณและหม่อมพริ้งในพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงประจักษ์ศิลปาคม เป็นอาทิ

ต่อมาเจ้าจอมมารดาเอมได้ถวายตัวเข้าเป็นฝ่ายในสนองพระเดชพระคุณเป็นบาทบริจาริกาในพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ให้ประสูติการพระราชธิดาเพียงพระองค์เดียวคือพระเจ้าบรมวงศ์เธอ พระองค์เจ้าอนงค์นพคุณ (18 พฤศจิกายน พ.ศ. 2400 — 22 มีนาคม พ.ศ. 2426) ถึงวันที่ 23 ตุลาคม พ.ศ. 2447 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าพระราชทานเหรียญรัตนาภรณ์ รัชกาลที่ 4 ชั้นที่ 4 พร้อมทั้งหีบหมากกะไหล่ทองและกาน้ำกะไหล่ทอง[4]

หลังพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเสด็จสวรรคตก็ยังพำนักอยู่ในพระบรมมหาราชวังเพื่ออำรุงเลี้ยงพระราชธิดา แต่เมื่อพระเจ้าบรมวงศ์เธอ พระองค์เจ้าอนงค์นพคุณพระราชธิดาสิ้นพระชนม์ลง ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมาเจ้าจอมมารดาเอมก็อยู่เพียงตัวคนเดียว ออกมาอยู่นอกวังบ้าง กลับเข้าไปในวังบ้างตามอัตภาพ กระทั่งในปี พ.ศ. 2447 เจ้าจอมมารดาเอมเริ่มมีอาการป่วย จึงออกมารักษาตัวที่วังสรรพสาตรศุภกิจของพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงสรรพสาตรศุภกิจ จนถึงแก่อนิจกรรมด้วยโรคชราเมื่อวันที่ 5 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2456[5] พระราชทานเพลิงศพ ณ วัดราชาธิวาสราชวรวิหาร เมื่อวันที่ 1 มิถุนายน พ.ศ. 2457 พร้อมกับศพของ เจ้าจอมมารดาเที่ยง ในรัชกาลที่ 4 และ เจ้าจอมมารดาสังวาลย์ ในรัชกาลที่ 4 โดย พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว และ สมเด็จพระศรีพัชรินทราบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง เสด็จเป็นองค์ประธาน [6]