ก่อนเสียกรุงศรีอยุธยาไม่นาน ท่านได้รับพระบรมราชโองการให้เดินทางไปเก็บเงินค่าส่วยสาอากรที่หัวเมืองชายทะเลภาคตะวันออก หลวงนายศักดิ์ได้เก็บเงินจากพระยาจันทบุรีได้เงิน 300 ชั่ง เมื่อได้รับข่าวกรุงแตกจึงเอาเงินไปฝังไว้ที่วัดจันทร์ ตกค่ำจึงวางแผนให้พรรคพวกชาวจีนมาโห่ร้องทำทีปล้นแล้วบอกพระยาจันทบุรีว่า โจรปล้นเงินไปหมด พระยาจันทบุรีไม่เชื่อสั่งให้จับหลวงนายศักดิ์ประจวบกับพระยาตากซึ่งตั้งตนเป็น เจ้าตาก ยกกองทัพถึงจันทบุรี หลวงนายศักดิ์จึงหนีออกไปสมทบเพราะเจ้าตากเคยทำราชการภายใต้บังคับบัญชาของตนจึงรู้จักคุ้นเคยกันมาก่อน หลวงนายศักดิ์ได้มอบจีนพรรคพวกให้ 500 คน กับเงินส่วยสาอากร 300 ชั่งที่เก็บไว้นั้นร่วมกันกับเจ้าตากตีเมืองจันทบุรีแตก

เจ้าตากใช้เงินที่หลวงนายศักดิ์มอบให้จำนวน 300 ชั่ง เป็นเงินทุนจัดสร้างเรือรบขึ้นที่จันทบุรี ประกอบกับหลวงนายศักดิ์เป็นผู้มีความรู้ความชำนาญในการเดินเรือและต่อเรือ จึงทำให้สามารถสร้างเรือประมาณร้อยลำ

กองทัพของเจ้าตากสามารถตีเมืองธนบุรีซึ่งพม่ามอบให้นายทองอินปกครองดูแล เมื่อยึดเมืองได้แล้วก็ยกกองทัพไปตีค่ายโพธิ์สามต้นของพม่าซึ่งตั้งอยู่ที่กรุงศรีอยุธยากองทัพได้รับชัยชนะโดยสามารถฆ่าสุกี้แม่ทัพของพม่าตายในสนามรบทำให้กรุงศรีอยุธยากลับคืนสู่อิสรภาพภายในระยะเวลาเพียง ๗ เดือนหลังจากเสียกรุงศรีอยุธยาซึ่งหนึ่งในบรรดาผู้กอบกู้อิสรภาพก็คือหลวงนายศักดิ์

สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีเสด็จขึ้นครองราชย์และสถาปนากรุงธนบุรีเป็นราชธานีแห่งใหม่ในปี พ.ศ. 2311 โปรดเกล้าฯ หลวงนายศักดิ์เป็นอัครมหาเสนาบดีมีบรรดาศักดิ์เป็น เจ้าพระยาจักรีศรีองครักษ์ ดำรงตำแหน่ง สมุหนายก ซึ่งมีอำนาจหน้าที่ปกครองดูแลหัวเมืองตั้งแต่เหนือสุดของประเทศจดดินแดนภาคกลางของประเทศ นับเป็นเจ้าพระยาจักรีคนแรกในแผ่นดินกรุงธนบุรี คนทั้งหลายมักเรียกกันว่า "เจ้าพระจักรีแขก"