ศึกนครศรีธรรมราช

ในปี พ.ศ. 2312 สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีโปรดเกล้าฯให้เจ้าพระยาจักรีฯเป็นแม่ทัพยกทัพไปปราบชุมนุมนครศรีธรรมราช ซึ่งถือว่าเป็นชุมนุมที่เข้มแข็งและมีความสามารถสูง ในการตีเมืองนครศรีธรรมราชนี้ ข้าราชการชั้นสูงที่ร่วมเดินทางในกองทัพได้เสียชีวิตในสนามรบ ซึ่งได้แก่พระยาเพชรบุรีและพระยาศรีพิพัฒน์ กองทัพของเจ้าพระยาจักรีฯไม่สามารถตีเมืองนครศรีธรรมราชได้ เนื่องจากเมืองนครศรีธรรมราชมีกองกำลังที่เหนือกว่า จึงถอยไปตั้งหลักที่เมืองไชยา กองทัพหลวงซึ่งมีสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีเสด็จยกทัพมาปราบ เมื่อเจ้าเมืองนครศรีธรรมราชทราบว่ามีกองทัพของสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรียกทัพมา จึงนำกำลังพลหนีออกจากเมือง แล้วไปหลบซ่อนอยู่ที่ปัตตานี เมื่อกองทัพของสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีมาถึงนครศรีธรรมราชก็สามารถตีกองทัพซึ่งรักษาเมืองนครศรีธรรมราชได้ พระองค์ทรงมีบัญชาให้เจ้าพระยาจักรีออกติดตามหาตัวเจ้าเมืองนครศรีธรรมราช ซึ่งท่านก็สามารถติดตามนำตัวมาถวายได้เป็นผลสำเร็จ

โคลงยอพระเกียรติพระเจ้ากรุงธนบุรีซึ่งแต่งโดยนายสวน มหาดเล็ก เมื่อปี พ.ศ. 2414 ได้กล่าวถึงเจ้าพระยาจักรี สมุหนายก ไว้ตอนหนึ่งว่า

สงครามกัมพูชา

สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีโปรดเกล้าฯให้ยกทัพไปปราบกัมพูชาครั้งที่ 2 ในปี พ.ศ. 2314 โดยมีเจ้าพระยาจักรี (หมุดหรือแขก) เป็นแม่ทัพเรือ สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีโปรดเกล้าฯให้เจ้าพระยาจักรีและพระยาทิพโกษาทำค่ายน้ำสองฝากของเมืองพุทไธมาศ ต่อมาโปรดเกล้าฯให้กองทัพเข้าปล้นเอาเมืองพุทไธมาศในเวลากลางคืนตอนเที่ยงคืน กองทัพไทยทั้งทัพบกและทัพเรือโหมตีเอาเมืองพุทไธมาศ ฝ่ายกองทัพพระยาราชาเศรษฐีเมืองพุทไธมาศไม่สามารถสู้ได้จึงหนีเอาตัวรอด ส่วนพระยาราชาเศรษฐีก็หนีออกจากเมืองไปทางทะเล

หลังจากนั้น กองทัพบกของพระยายมราชยกเข้าตีเมืองพระตะบอง เมืองโพธิสัตว์และเมืองบริบูรณ์ได้เป็นผลสำเร็จ จากนั้นก็ได้ยกเข้าไปจะตีเมืองพุทไธเพชร แต่เจ้าพระยาจักรีตีได้เมืองพุทไธเพชรก่อนแล้ว องค์พระอุไทยราชานำทัพออกสู้รบด้วยแต่ไม่สามารถต้านทานได้ จึงนำไพร่พลบริวารหนีไปตั้งทัพที่บาพนม หลังจากนั้นเจ้าพระยาจักรีนำกองกำลังตั้งอยู่ที่เมืองพุทไธเพชร มอบให้องค์พระรามาธิบดีอยู่รักษาเมืองพุทไธเพชร ส่วนเจ้าพระยาจักรีได้เดินทางลงมาเฝ้าสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีที่เกาะพนมเพญ แล้วเลยไปเมืองบาพนมเพื่อติดตามจับองค์พระอุไทยราชา แต่ไม่อาจจับตัวได้ เพราะพวกญวนเมืองลูกหน่ายมาจับตัวองค์พระอุไทยราชาหนีไปเมืองญวน ชาวเมืองบาพนมเข้าสวามิภักดิ์โดยดีไม่มีการสู้รบกัน ต่อจากนั้นเจ้าพระยาจักรีก็ยกทัพกลับมาเฝ้าสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีที่เกาะพนมเพญ ต่อมาองค์พระรามาธิบดีได้ลงมาเฝ้าสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี พระองค์ได้โปรดให้องค์พระรามาธิบดีไปครองเมืองพุทไธเพชร และมีพระดำรัสให้พระยายมราช (ทองด้วง) และพระยาโกษาไปช่วยราชการที่เมืองพุทไธเพชรจนกว่าจะสงบราบคาบ หลังจากเสร็จศึกที่กัมพูชาแล้ว สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี โปรดเกล้าฯ พระราชทานญวนข้างในซึ่งเป็นบุตรสาวของพระยาราชเศรษฐีเจ้าเมืองพุทไธมาศแก่แม่ทัพที่ร่วมในสงครามครั้งนี้ ซึ่งเจ้าพระยาจักรีก็ได้รับพระราชทานด้วย โดยให้โขลนนำไปพระราชทานถึงเรือน