เจ้าหญิงมารี-โจเซเสด็จนิวัติประเทศอิตาลีหลังจากการเสด็จสวรรคตของพระสวามีเมื่อปี พ.ศ. 2526 และพระองค์ได้สิ้นพระชนม์ลงเมื่อวันที่ 27 มกราคม พ.ศ. 2544 ณ เมืองเจนีวา ด้วยโรคมะเร็งในบัปผาสะเมื่อพระชนมายุ 94 พรรษา โดยทรงดำรงพระชนม์ชีพยาวนานกว่าพระเชษฐาทั้งสองและพระภาติยะบางองค์ การสิ้นพระชนม์ของเจ้าหญิงมารี-โจเซเป็นสื่อชักจูงให้รัฐบาลอิตาลีแก้ไขรัฐธรรมนูญและอนุญาตสมาชิกบุรุษในราชวงศ์ซาวอยเสด็จมาเยือนประเทศอิตาลีได้