เจ้าหญิงโยโกะแห่งมิกาซะประสูติเมื่อวันที่ 25 ตุลาคม พ.ศ. 2526 เป็นพระธิดาพระองค์เล็กจากทั้งหมดสองพระองค์ในเจ้าชายโทโมฮิโตะแห่งมิกาซะ กับเจ้าหญิงโนบูโกะ พระชายาฯ (พระนามเดิม โนบูโกะ อาโซ) มีพระเชษฐภคินีคือเจ้าหญิงอากิโกะแห่งมิกาซะ พระชนนีเป็นน้องสาวของทาโร อาโซ และเป็นหลานสาวของชิเงรุ โยชิดะ ซึ่งทั้งสองเคยดำรงตำแหน่งเป็นนายกรัฐมนตรีญี่ปุ่น

เจ้าหญิงโยโกะสำเร็จการศึกษาระดับมัธยมศึกษาจากโรงเรียนกากูชูอิง แล้วทรงศึกษาต่อในระดับปริญญาตรีสาขาญี่ปุ่นศึกษา คณะวัฒนธรรมนานาชาติศึกษา วิทยาลัยหญิงกากูชูอิง จนสำเร็จการศึกษา