เจียงไคเชกได้แต่งตั้งเฉินเป็นผู้ว่าการมณฑลไต้หวันในปี ค.ศ. 1949 เพื่อวางแผนการพัฒนาของไต้หวันให้เป็นหนึ่งในฐานที่มั่นของก๊กมินตั๋ง หลังจากที่กองกำลังคณะชาติถอยกลับมายังไต้หวันเฉินก็วางมือจากกองทัพและหันมาดำรงตำแหน่งพลเรือนที่สำคัญเช่น ตำแหน่งรองผู้บริหารพรรคก๊กมินตั๋ง, รองประธานาธิบดีและนายกรัฐมนตรีแห่งสาธารณรัฐจีน

ในช่วงเวลาหลายปีที่เขาอยู่ที่ไต้หวันเขาได้แนะนำการปฏิรูปที่ดินและเศรษฐกิจต่างๆและดำเนินการบูรณะไต้หวัน ความคิดริเริ่มของนโยบาย "การลดค่าเช่า 375" ของเฉินนั้นมีจุดประสงค์ด้วยการหยุดการแพร่กระจายของลัทธิคอมมิวนิสต์ในไต้หวัน นโยบายดังกล่าวทำให้เกษตรกรผู้เช่าต้องจ่ายเงินให้แก่เจ้าของที่ดินที่ 37.5% ของการเก็บเกี่ยว ก่อนที่จะมีคำสั่งเจ้าของที่ดินมักจะหาเงินมากกว่าครึ่งหนึ่งของค่าตอบแทน[2] เขาสร้างผลงานที่โดดเด่นให้ประชาชนชื่นชมกับการเปิดตัวโครงการก่อสร้างหลายแห่ง หนึ่งในนั้นคือ เขื่อนสือเหมิน ในมณฑลเถาหยวน ซึ่งช่วยแก้ปัญหาน้ำท่วมในขณะเดียวกันก็ช่วยเพิ่มจำนวนผลผลิตข้าว