ในสภาวะปกติ (native state) เซอร์ปินจะอยู่ในสมดุลระหว่างภาวะเครียดเต็มที่ (fully stressed; ภาพซ้าย) และภาวะคลายบางส่วน (partially relaxed; ภาพขวา) โดยเกลียว A-sheet ทั้ง 5 เกลี่ยวของเซอร์ปิน (สีน้ำเงินอ่อน) จะประกอบไปด้วยหมู่ฟังก์ชั่น 2 หมู่ที่มีความสำคัญต่อการออกฤทธิ์ คือ Breach และ Shutter; และมีวงศูนย์ปฏิกิริยา (reactive centre loop; สีน้ำเงิน) จะยื่นออกมาเมื่ออยู่ในสถานะสมดุลไดนามิกระหว่างที่เซอร์ปินอยู่ในภาวะเครียดเต็มที่ (ภาพซ้าย) และบางส่วนจะม้วนพับเข้าหา A-sheet เมื่ออยู่ในภาวะคลาย (ภาพขวา).(PDB 1QLP)[44][45]

เซอร์ปินทุกชนิดจะมีโครงสร้างพื้นฐานที่เหมือนกัน ถึงแม้จะมีหน้าที่ที่หลากหลายแตกต่างกันก็ตาม โครงสร้างดังกล่าวจะประกอบไปด้วยแผ่นบีตา 3 แผ่น (ชื่อว่าแผ่น A, B และ C) และเกลียวแอลฟาจำนวน 8–9 เกลียว (ชื่อว่าเกลียว hA–hI)[17][18] โดยส่วนที่มีความสำคัญอย่างมีนัยยะต่อการทำงานของเซอร์ปินได้แก่ แผ่น A-sheet และวงศูนย์ปฏิกิริยา (reactive centre loop; RCL) ซึ่งแผ่น A-sheet นี้จะประกอบไปด้วยสายบีตาจำนวน 2 สายเรียงตัวในแนวขนานกัน พื้นที่ที่อยู่ระหว่างสายบีตาทั้ง 2 สายนี้ เรียกว่า 'ซัตเตอร์' (shutter) และส่วนที่ด้านบนขึ้นไปเรียกว่า 'บรีช' (breach) โดยโครงสร้างที่เป็นวงศูนย์ปฏิกิริยาจะเป็นส่วนที่เริ่มเข้าจับกับโปรตีเอสเป้าหมายเพื่อยับยั้งการทำงานของโปรตีเอสนั้นๆ จากโครงสร้างของเซอร์ปินที่ได้จากการจำลองพบว่าวงศูนย์ปฏิกิริยาของเซอร์ปีนจะอยู่ทั้งในระยะเครียดเต็มที่ (fully stressed) หรือในระยะคลายบางส่วน (partially relaxed) ซึ่งบางส่วนของวงจะม้วนพับเข้าไปในเกลียว A-sheet คาดการณ์กันว่าสมดุลไดนามิก (dynamic equilibrium) ของเซอร์ปินนั้นจะอยู่ระหว่าง 2 ระยะนี้[5] นอกจากนี้วงศูนย์ปฏิกิริยาดังกล่าวยังสามารถเกิดปฏิกิริยาแบบชั่วคราวกับโครงสร้างส่วนที่เหลือของเซอร์ปินได้ เนื่องจากโครงสร้างส่วนนี้มีความยืดหยุ่นสูงและสัมผัสอยู่กับสารละลายอยู่ตลอดเวลา[5]

ในปัจจุบันมีการค้นพบโครงสร้างของเซอร์ปินครอบคลุมหลากหลายโครงรูป ซึ่งถือเป็นส่วนสำคัญในการศึกษาเพื่อทำความเข้าในในกลไกการออกฤทธิ์ที่สลับซับซ้อนของโปรตีนกลุ่มนี้ ดังนั้น การศึกษาชีววิทยาโครงสร้างจึงได้เข้ามามีบทบาทสำคัญในการทำความเข้าใจเกี่ยวกับการทำงานและฤทธิ์ทางชีววิทยาของเซอร์ปิน[5]