หลังจากการต่อต้านฝรั่งเศสใน พ.ศ. 2482 เซินได้ลี้ภัยไปยังญี่ปุ่นและกลับมาเมื่อพระนโรดม สีหนุประกาศเอกราชของกัมพูชาเมื่อ 12 มีนาคม พ.ศ. 2488 ระหว่างการยึดครองของญี่ปุ่น และได้เป็นนายกรัฐมนตรีในเดือนสิงหาคม เมื่อมีการฟื้นฟูอำนาจของฝรั่งเศสในเดือนตุลาคม เซินถูกจับกุมและถูกส่งตัวไปยังไซ่ง่อนและฝรั่งเศสโดยลำดับ[3] ผู้ที่สนับสนุนเขาหลายคนเข้าร่วมกับเขมรอิสระเพื่อต่อสู้กับเจ้าอาณานิคม เซินได้กลับสู่กัมพูชาเมื่อ พ.ศ. 2494 แต่เขาปฏิเสธตำแหน่งรัฐมนตรี โดยหันไปร่วมมือกับผู้นำเขมรอิสระหลายคนและออกหนังสือพิมพ์ Khmer Kraok เพื่อสนับสนุนให้ต่อต้านการปกครองของฝรั่งเศส และถูกสั่งห้ามพิมพ์อย่างรวดเร็วใน พ.ศ. 2495 หลังจากนั้น เซินจึงออกจากเมืองไปจัดตั้งกลุ่มต่อต้านในเขตป่าของจังหวัดเสียมราฐ

เซินพยายามเข้าควบคุมเขมรอิสระและกลุ่มผู้มีอิทธิพลในท้องถิ่น ซึ่งในจำนวนนี้มีพระนโรดม จันทรังสี และพุทธ ฉายสนับสนุนการเป็นผู้นำของเขา หลังกัมพูชาได้รับเอกราช เซินได้รับการสนับสนุนมากจากชาวแขมร์กรอมแต่มีอิทธิพลน้อยภายในประเทศกัมพูชา และยืนอยู่ตรงข้ามกับกลุ่มฝ่ายซ้าย