วิธีการเล่นจะเปลี่ยนตามตำแหน่งภายใน Naju ของผู้เล่น ผู้เล่นควบคุม The Guardian ในร่างหุ่นยนต์คล้ายมนุษย์ ในขณะสำรวจพื้นผิวเขาวงกตของ Naju (the Labyrinth) และร่างยานอวกาศเมื่อเข้าสำรวจภายใน Naju (the Dungeon).[9] The Guardian มีมาตรวัดพลังชีวิตซึ่งจะลดลงเมื่อได้รับความเสียหายจากศัตรู ซึ่งผู้เล่นสามารถเติมมาตรวัดพลังชีวิตได้โดยการเก็บไอเทม หากพลังชีวิตหมดลง The Guardian จะระเบิดและจบเกม[10] ผู้เล่นสามารถใช้อาวุธหลักซึ่งไม่จำกัดกระสุนและอาวุธสนับสนุนซึ่งมีอานุภาพสูงแต่จะใช้ "เพาวเวอร์ชิป (Power chip)" ในการยิงแต่ละครั้ง[11] เพาวเวอร์ชิปสามารถใช้แทนเงินในการอัพเกรด The Guardian ที่ร้านค้าทั่วไปใน Naju การอัพเกรดของ The Guardian อาจพบได้ที่พื้นผิวเขาวงกตของ Naju หรือได้รับหลังจากที่สามารถเอาชนะ บอส ซึ่งการอัพเกรดเช่น การเพิ่มประสิทธิภาพของอาวุธหลัก อาวุธสนับสนุนใหม่ๆ หรือการเพิ่มประสิทธิภาพของอาวุธสนันสนุน และ แลนเดอร์ (Lander) สิ่งมีชีวิตสีสดใส

แลนเดอร์สีฟ้าและสีแดงเป็นตัวละครที่ปรากฏในหลายๆเกมของบริษัท Compile ซึ่งจะช่วยเพิ่มพลังชีวิตสูงสุดและความจุของเพาเวอร์ชิป ตามลำดับ[12][note 3] แลนเดอร์สีฟ้ามีหลายบทบาทในเกม The Guardian Legend บางตัวไม่ได้เป็นไอเท็มแต่เป็นตัวละครตัวหนึ่งที่แนะนำผู้เล่นหรือแลกอัพเกรดเป็นเพาเวอร์ชิป บางตัวอาจจะให้ พาสเวิร์ด ซึ่งช่วยให้ผู้เล่นสามารถเริ่มเกมใหม่ต่อจากครั้งก่อนได้ แลนเดอร์สีฟ้าเหล่านี้เป็นเสมือน checkpoints ซึ่งผู้เล่นสามารถเริ่มเล่นเกมใหม่ที่ห้องนี้ ภายหลังจากที่พ่ายแพ้ในเกม หากยังไม่ปิดเครื่องเล่นเกม[10]

ในส่วนวิธีการเล่นแบบแอ็คชั่นผจญภัยของเกมคือส่วน "Labyrinth" ผู้เล่นจะสำรวจพื้นผิวเขาวงกตของ Naju ในร่างหุ่นยนต์คล้ายมนุษย์ โดยเป็นมุมมองจากด้านบน (top-down perspective).[9] ผู้เล่นต้องค้นหาเส้นทางใน Labyrinth ผ่านประตูต่างๆ ไปยังอุปกรณ์ควบคุมความปลอดภัยทั้ง 10 ตัว The Labyrinth ประกอบด้วยทางเดินยาวและห้องต่างๆ ซึ่งระบุพิกัดแบบ X–Y coordinates.[16] แผนที่ซึ่งแสดงรายละเอียดสามารถแสดงได้ในหน้าจอหยุด (pause subscreen)[17] ผู้เล่นสามารถเดินจากหน้าจอหนึ่งไปยังหน้าจอถัดไปได้ แต่ในบางจออาจถูกแยกออกโดย ประตู ที่เรียกว่า "วาร์ปพาเนล".[18] บนวาร์ปพาเนลจะมีสัญลักษณ์ซึ่งผู้เล่นจะสามารถวาร์ปพาเนลนี้ได้หากมีกุญแจสัญลักษณ์ที่ตรงกันกับบนวาร์ปพาเนล วาร์ปพาเนลบางอันจะพาไปยังห้องซึ่งให้เงื่อนงำหรือเรื่องราวของเกม ส่วนอันอื่นๆอาจจะเป็นประตูไปสู่ร้านค้า ห้องพาสเวิร์ด และทางเดินยาว กุญแจสัญลักษณ์จะอนุญาตให้ผู้เล่นผ่านไปยังส่วนต่างๆของthe Labyrinthได้โดยไม่เรียงลำดับ[10]

ในส่วนวิธีการเล่นแบบเกมยิง shoot 'em up ของเกมคือส่วน "Dungeon" ผู้เล่นจะต้องต่อสู้ภายใน Naju ในรูปยานอวกาศ Dungeon เป็นเส้นทางต่อเนื่องภายใน Naju ที่เต็มไปด้วยศัตรู Dungeon พบได้ในจากเส้นทางบน Labyrinth.[19] ผู้เล่นต้องบุกเข้าใน Dungeon เพื่อเอาชนะ boss หากสามารถเอาชนะ boss ได้ ผู้เล่นจะสามารถทำลายเส้นทางและกลับสู่ Labyrinth โดยได้รับเพาเวอร์อัพ (ในบางครั้งอาจจะเป็นกุญแจวาร์ปพาเนล)เป็นรางวัล[10] ในขณะที่บางเส้นทางสามารถเข้าได้โดยอิสระ บางเส้นทางจะต้องทำแอ๊คชั่นบางอย่างในห้องคอร์ริดอร์ก่อนจึงจะสามารถเข้าได้ บางห้องใน Labyrinth จะให้เงื่อนงำในการปลดล็อกเส้นทางเหล่านี้ เส้นทางทั้ง 10 เส้นของเกมเป็นเส้นทางไปสู่อุปกรณ์ความปลอดภัยที่ผู้เล่นจำต้องปิดการทำงานทั้งหมดเพื่อเอาชนะเกม[11]